水权究竟是公权还是私权，存在争议。日本的美浓部博士及其他某些公法学者，基干日本河川法第3条的规定、水权的设定须经行政厅的特许、水权的客体为公用物、水权的移转须经行政厅的许可、根据公益上的理由、可变更或消灭水权等理由，主张水权为公权。与此对立，鸠山、末弘等私法学者与某些判例则坚持私权说，其理由如下：（1）河川法第3条所谓“私权”，可解释为包括水权。（2）水权与一般的私权在抽象的内容上没有差异，只有为自己的利益而利用公用水的具体内容的区别。（3）河川法第21条规定水权的移转以行政厅许可为条件，这是把水权作为私权的表现，因为公权移转不需要确认。折中说认为水权为公权与私权混合的权利。金泽良雄教授认为，从水权产生的领域看，将水权定性为私权没有问题，但水权的取得须得到行政的许可虽然未从根本上抹杀水权的私权性，但给它烙印上了公权性，故水权为私权与公权混合的权利。东京高等裁判所亦曾就公水使用权而论，认为公权说系就权利的形式着眼，私权说则是就权利的内容而言，二者均不免失之一偏，即使就公水使用权之本质采私权说，为私权之水权利同时亦受公共性之规范，亦即具有公权私权的重叠性。

中国采折中说的学者认为，一方面，水对权利人来说是一种财产，水权由此呈现出私权性；同时，水资源又是一种公用物，因为水资源上附着了一些不具有竞争性和独占性的生态环境功能和社会公共利益，后者的价值大于前者即财产价值。

综上所述，认为水权是公权的学者主要理由有以下两个方面：一方面，政府在代表国家行使水资源的所有权，而国家所有权的行使更多地表现为政府对于水资源的管理行为，水资源利用权的产生、变更、终止均与政府行为有关。另一方面，在中国，行使水权的基础是严格执行水资源利用规划，因为水法的制定必须遵循生态系统的物质循环规律。每条江河的流域都是一个生态系统，它所包含的各种生物群体，只有通过相对稳定的物质循环和能量流动才能为人类提供适宜的环境条件和稳定的物质资源。生态平衡主要依靠生态系统内部的自动调节功能，如果人为因素的影响超过生态系统的自我调节限度，则会造成整个生态系统的崩溃，从而影响到人类的生存和发展。若在水法中遵循这一物质循环规律，则必须将整个水资源作为公共财产来认识，并以此为前提制定综合性的水法。

水权具有公权的性质，但它本质上应当属于私权。要认识水权的私权性，应当清楚以下几个问题。

（一）公权与私权划分的标准是什么。关于公权与私权的划分，现代法学一般认为，凡涉及到公共权利、公共关系、公共利益和上下服从关系、管理关系、强制关系的法，即为公法。而凡属个人利益、个人权利、自由选择、平权关系的法即为私法。由此公法上的权力应为公权，私法上的权利应为私权。对公法法规而言，并非任何一般人都能成为该行为的权利或义务主体，而必须并且仅能有统治权主体或行政官署担当起权利或义务的主体，而该主体依该公法法规所为的行为为公法行为。反之，对于私法规范而言，一般人亦可成为该行为的权利或义务的主体，并不以统治权主体或行政官署为限，而依该私法法规所为的行为是私法行为。按照这一学说分析，水法规定“国家保护依法开发利用水资源的单位和个人的合法权益”，可见水权的主体是单位和个人，是一般主体，非代表公权色彩的国家或政府。所以水权是一般人享有的权利和义务，水权应当属于私权。

从水权的内容上看水权也应当属于私权。任何权利的内容都是权利和义务关系，水权的内容是水权人开发利用水资源并获得受益的权利，并承担相应的义务。比如汲水权、引水权、蓄水权、排水权、航运权等都是为了满足民事主体生产生活的需要，所以从权利的内容上说它也是一种民事权利。

航运权

（二）从水权设定和转让需行政许可看。首先，水权的取得需政府许可，这是政府代表国家行使水资源所有权的权能让度水资源的使用权给单位和个人的行为。就如同国家或集体作为土地的所有权人出让土地的使用权需经土地管理部门许可一样，所以这一许可行为应当认定为所有权人对其所有物使用权的出让许可行为。其次，从水权转让需经政府许可的性质来看，这是所有权人行使的监督行为，如同在房屋租赁关系中，未经出租人同意承租人不得转租，在农村土地承包经营权中，承包人转让土地承包经营权也需发包人同意一样，国家无论是在水权人取得水权时的许可还是转让许可都是代表所有权人身份出现而非公权主体出现。

（三）从行使水权要严格执行水资源利用规划看，这涉及到水权和水资源的关系。各类资源上都存在两项权利即资源的所有权和资源使用受益的权利。由于各类资源如水资源、森林资源、矿业资源的稀缺性、公共性的特点，国家为了社会生态平衡、人类生存发展的需要而将这些资源的所有权收归国家所有，国家基于宏观调控的目的对这些资源进行管理、发放许可证或进行限制，这些行为的主体是国家，由政府代表国家以公益为目的行使这些权力时，这些行为才具有公法性质。而资源的使用权则是对各类资源使用受益的权利，是非所有权人为自己的利益而需要使用水资源时，为清楚地划分他与所有权人之间的利益，也为了对抗其他人，才设置的制度，它只是从资源所有权中派生的系分离了该所有权中的使用、受益诸权能而形成的权利，是私权。因此不能否认水资源上特别是水资源的所有权上存在以公共权利、公共利益的公权行为，但是作为水资源使用受益的权利从根本上来说应当是私权。