水污染防治法第四条即规定：各级人民政府的环境保护部门是对水污染防治实施统一监督管理的机关。各级交通部门的航政机关对船舶污染实施监督管理。而各级人民政府的水利管理部门、卫生行政部门、地质矿产部门、市政管理部门、重要江河水源保护机构为协同部门，结合各自的职责，协同环境保护部门对水污染防治实施监督管理。其基本管理制度内容主要包括以下方面。

水污染管理划定重要用水保护区制度

县级以上人民政府可对生活饮用水源地、风景名胜区水体、重要渔业水体和其他具有特殊经济文化价值的水体，划定保护区，并采取措施，保证保护区的水质符合规定用途的水质标准。

水污染管理环境影响报告制度

新建、扩建、改建直接或者间接向水体排放污染物的建设项目和其他水上设施，必须填写环境影响报告书，对建设项目可能产生的水污染和对生态环境的影响作出评价，规定防治的措施，按照规定的程序报经有关环境保护部门审查批准。在运河、渠道、水库等水利工程内设置排污口，应当经过有关水利工程管理部门同意。建设项目投入生产或者使用的时候，其水污染防治设施必须经过环境保护部门检验，达不到规定要求的，该建设项目不准投入生产或者使用。

水污染管理排污登记制度

直接或间接向水体排放污染物的企业事业单位，应当按照国务院环境保护部门的规定，向所在地的环境保护部门申报登记拥有的污染物排放设施、处理设施和在正常作业条件下排放污染物的种类：数量和浓度，并提供防治水污染方面的有关技术资料。排放污染物的种类、数量和浓度有重大改变的，应当及时申报。拆除或者闲置污染物处理设施的，应当提前申报，并征得所在地的环境保护部门的同意。

水污染管理限期治理制度

企业事业单位向水体排放污染物的，按照国家规定缴纳排污费；超过国家或者地方规定的污染物排放标准的，按照国家规定缴纳超标准排污费，并负责治理。对造成水体严重污染的排污单位，实行限期治理。中央或者省、自治区、直辖市人民政府的环境保护部门提出意见，报同级人民政府决定。市、县或者市、县以下人民政府管辖的企业事业单位的限期治理，由市、县人民政府的环境保护部门提出意见，报同级人民政府决定。排污单位应当如期完成治理任务。

水污染管理强制应急措施和现场检查制度

水污染防治法规定在生活饮用水源受到严重污染，威胁供水安全等紧急情况下，环境保护部门应当报经同级人民政府批准，采取强制性的应急措施，包括责令有关企业事业单位减少或者停止排放污染物。各级人民政府的环境保护部门和有关的监督管理部门，有权对管辖范围内的排污单位进行现场检查，被检查的单位必须如实反映情况，提供必要的资料。