水污染源管理是指对影响水体质量的污染源采取的防治措施。我国于70年代后期，根据我国的实际情况，提出了自己的污染源管理办法，要求各部门结合企业技术改造，综合利用工业废水、废气、废渣，对新建、改建的工程项目实行与防治污染设施同时设计、同时施工、同时投产的原则和环境影响评价制度。1984年颁发的《中华人民共和国水污染防治法》，通过多次修订，从环境标准、废弃物排放标准等多方面进一步控制污染源对水环境的影响，使污染源管理由被动的分散治理转为积极的综合防治。
为了防止水污染、改善水质、保护水的使用价值，应采取行政、法律、经济、教育和科学技术手段对水质进行管理。水质管理通常包括行政措施和技术措施两方面。
(1)行政手段。建立国家级和地方级水资源保护的执行机构，制订水质管理政策、计划，划出水源保护区、重点治理区，对重点城市、水域的水质污染防治，筹集资金，予以帮助，对某些严重危害水质的工业，限期治理或勒令停产、转产或搬迁。
(2)法律手段。通过法律、法令、法规等强制性措施，对违法者给予警告、罚款、或责令赔偿损失。1984年5月我国制定了《中华人民共和国水污染防治法》。
(3)经济手段。执行水污染奖惩制度，如对积极防治污染而经济有困难的企事业单位，给予资金援助；对排放水污染超过国家规定标准的单位，按水污染物的种类、数量和浓度征收排污费；对违反规定造成严重水污染的单位，处以罚款；对利用废弃物质为生产原料的产品，给予减免税或其它方面的优待。
(4)宣传教育。进行防治水污染的宣传教育，发挥社会公众监督作用，特别是要利用书刊、报纸、电影、电视、广播等多种形式，向公众宣传环境保护和防治水污染的方针、政策、法令等，在学校和科学研究单位，要培养环境管理人才，加强环境科学知识教育。对各级环境管理部门的在职干部进行轮训，提高他们的环境意识。
(1)制定水质标准。水质标准是进行水质管理的依据，我国已制定了《地面水环境质量标准》和《水污染排放标准》等。
(2)进行水质预测和水质预报。对于污染河段，应进行水质预测和预报，以便及时掌握水污染实况，采取措施，控制污水排放，并预测可能出现的水污染状况，预作规划和控制。
(3)管好水量利用。改变水量无偿使用和浪费现象，提倡循环重复用水、节约用水，减少排入水体的污水量。
(4)制定水质规划和区域性水污染综合防治规划。
