水污染自净能力是指江河湖海水域后，由于对流、稀释、扩散、沉淀等物理作用，氧化、还原、吸附、凝聚等化学作用以及生物的氧化、酵解、吸收作用等，使污染物浓度降低，经过一段时间后，水体恢复到未接纳污水前的状态。合理地利用水体的自净能力，消除污水的污染程度，是水环境管理的一个重要措施。

水体的自净能力既与水体本身的性质有关，也与污染物的性质密切相关。按照污染物能否在水中降解以及降解速率的大小，可把污染物分为三类，即易降解的耗氧性有机物，如动植物残体、粪便等；难降解的污染物，如洗涤剂、有机氯农药、除草剂等；不能降解的污染物，如重金属和放射性污染物等。

在利用自净来消纳污水的过程中，重金属与放射性物质只能改变其存在状态与地域，不能使之分解消化。重金属可通过吸附、絮凝、沉淀或发生氧化还原反应改变价态，进入底泥、悬浮物或生物体内，在某种条件下从水中分离出去，水体得以净化。但在条件改变后，又可重新进入水体，成为污染物。因此，这类污染物不能指望用自净来彻底消除。

生物污染是自净中遇到的另一个问题。医院或传染病院排出的污水中含有大量的病原菌、病毒、寄生虫卵等，这些污染物在自然水体中甚至可长期生存，有的甚至是生命循环中必经的阶段。这种污水需作特殊处理，不能靠自净净化。