水功能区划是一项技术性和行政性并重的工作，水功能区划应本着下列原则进行。
水功能区划结合水资源开发利用规划及社会经济发展规划，根据水资源的可再生能力和自然环境的可承受能力，科学合理地开发利用水资源，并留有余地保护当代和后代赖以生存的水资源和生态环境，保障人体健康和环境的结构与功能，促进社会经济和生态环境的协调发展。
水功能区划应将水系系统作为同一整体考虑，分析河流上下游、左右岸、省界间、市界间、县界间，湖泊水库的不同水域，近、远期社会发展需求对水域保护功能的要求。坚持水资源开发利用与保护并重的原则，统筹兼顾流域、区域水资源综合开发利用和国民经济发展的规划．上游水功能的划分，要考虑保障下游功能要求；支流功能的划分，要考虑保障干流水域的功能要求；当前功能区的划分，不能影响长远功能的开发。
水功能区划要以水资源开发利用规划中确定的水资源主导使用功能为主，在人类活动和经展对水域未提出新的功能要求之前，应保持现状使用功能。同时水功能区划要体现社会发展的超前意识，结合未来社会发展需求，引入本领域和相关领域研究的最新成果，要为将来引进高新技术和社会发展需要留有余地。
根据河流、湖泊和水库的水文特征，合理利用水环境容量，保证水功能区划中水质标准的合理性，既充分保护水资源质量，又有效利用环境容量，节省污水处理费用。
综合考虑江河湖库的自然条件、污染现状及使用目标的相似性进行功能区的划分。
水功能区划的水质功能与水量密切相关，分区时应将水质和水量统一考虑，既要考虑水资源的开发利用对水量的需要，又要考虑对水质的要求。
水功能区划的方案要切实可行，其分配界限应尽可能地与行政区界线一致，以便于行政管理，使保护和改善水环境的措施能得以贯彻和落实，也便于行政监督管理的实施。同时必须将水功能区的划分与水域允许纳污量、入河排污口的布局及其允许排放量结合起来，真正有利于强化水资源保护的目标管理 。
