划分水域功能区要因地制宜，实事求是地采取定性、半定量与定量相结合的方法。

水环境功能区划(一) 系统分析法

采用系统分析的理论和方法，把研究区域作为一个系统，分清水功能区划的层次，进行总体设计。

水环境功能区划(二) 定性判断法

定性判断法主要是在对河流、湖泊和水库的水文特征、水质现状、水资源开发利用现状及规划成果进行分析和判断的基础上，进行河流、湖泊及水库功能区的划分，提出符合系统分析要求且具有可操作性的水功能区划方案。

水环境功能区划(三) 定量计算法

采用水质数学模型，以定性划分的初步方案为基础，进行水功能区水质模拟计算，根据模拟计算成果对各功能的水质标准、长度、范围进行复核。

一级功能区划分的程序：首先划定保护区，然后划定缓冲区和开发利用区，最后划定保留区。二级功能区划分的程序：首先，确定区划具体范围，包括城市现状水域范围以及城市在规划水平年涉及的水域范围。同时，收集划分功能区的资料，包括水质资料，取水口和排污口资料，特殊用水要求如鱼类产卵场、越冬场、水上运动场等，以及规划资料(包括陆域和水域的规划，如城区的发展规划，河岸上码头规划等)。然后，对各功能区的位置和长度进行适当的协调和平衡，尽量避免出现低功能到高功能跃变等情况。最后，考虑与规划衔接，进行合理性检查，对不合理的水功能区进行调整 。