水环境功能区是根据自然条件和社会经济发展需求划定的、执行某种特定功能的水域。

水环境功能区在空间上可以涵盖整个流域，也可能是流域中的一部分水域。水环境功能区划在流域层次上进行。流域的一部分或一个河段不可能单独进行功能区划，因为水环境功能区划不仅涉及某个功能区所在地自身的利益，还与该功能区的上下游发生利益冲突，只有在全流域协调下才能取得实质性进展。流域的层次越高，水环境功能区划越重要。就全国范围而言，水环境功能区划的步骤应该从一级流域逐渐向下一级流域扩展，上一级流域的区划结果是下一级流域区划的依据。

当然，任何一级的水环境功能区划都不可能是一次完成的，上一级区划结果是下一级区划的依据，同时，下一级区划规划的结果又可能反馈到上一级，并修改上一级区划的方案。水环境功能区划是一个不断反馈修改、不断完善的过程。其阶段性的成果是一个流域的所有功能区都能够达到或经过修改都能够达到既定的水质目标。

水环境功能区划是对水体功能进行甄别的过程，是水污染防治规划的出发点和归宿。规划伊始，规划人员根据社会和经济发展需求预先划分和设定水体的环境功能区。预先设定的水环境功能区划是否可行，需要通过经济、社会、环境的全面分析论证，这个论证过程就是水污染防治规划。因此，一个合理的水环境功能区划只能产生在水污染防治规划的结尾，而不是它的开始。从这个意义上说，水环境功能区划贯穿于水污染防治规划的全过程，是水污染防治规划的一个重要环节。当然，在复杂的规划过程中，功能区划工作可以作为一个相对独立的子过程处理。

人们从主观愿望出发，普遍期望水环境能够提供优质的、能够满足多种用途的水，但是在客观上，水环境质量受到自然和社会经济状况的影响和制约，往往不能完全满足人们的期望。一个具有可操作性的水环境功能区划必定是需求与可能相妥协的产物。

水环境功能区划是时间与空间的函数，随着时空条件的变化，水环境功能区需要进行相应的调整。例如，由于跨流域调水改变了原先的水文条件，也改变了流域的环境容量；污染物排放量对水体的影响在时间上和空间上都发生了变化，水环境功能区也随之产生变化；再如，流域的经济发展增强了保护环境的实力，人民生活水平的提高对环境质量的要求也随之提高，有必要重新修订原先的水环境功能区划 。