多生长于热带岩石岸礁与珊瑚岛礁之上，能从岩石和极有限的土壤中吸收营养而生长，也有与其他红树植物伴生的情况。水芫花属于嗜热窄布种，能适应温度最低月（平均气温大于20℃）。水芫花为中国最不耐寒的半红树植物。
水芫花在海南清澜港自然保护区主要分布于海岸石滩上，而在台湾、西沙等地，主要是位于含盐量及pH值较高的石灰质岸礁或珊瑚礁上，而且往往可以形成优势群落，这说明其耐盐碱力很强。此外，水芫花分布位置多位于阳光充足之地，而且降雨量大，如海南清澜港年均降雨量1541.3-1759.1毫米，可以推测水芫花适应强光照、高湿度的气候。
