水质性缺水与资源性缺水、经济性缺水有密不可分的关系。首先，资源性缺水会导致水质性缺水状况加剧，经济发展对水的需求急剧增加致使水源的开发利用率无节制地增加，过高的开发利用率使被污染的水还来不及自净便又投入使用，使用的是污水，排放的是更污的污水，资源性缺水导致水质下降，水质下降导致水不能利用，如此恶性循环的结果，使资源性缺水和水质性缺水同时发生，且都更严重。
至于经济性缺水更可以视为水质性缺水的重要原因之一，因为如果有强大的经济力量，对城市污水则可首先完善城市排水管网，修建高等级的污水处理厂并提供正常运转所需的经费；对工业废水则可做到达标排放或零排放；对于众多城市垃圾和工业废弃物更可以通过处理变废为宝。
