随着时代的发展而逐步完善，主要有以下几种。

环境影响评价制度

1969年美国首先提出环境影响评价的概念，为许多国家所接受并定为制度。中国水污染防治法规定：新建、扩建、改建直接或间接向水体排放污染物质的建设项目的环境影响报告书，必须对建设项目可能产生的水污染和对生态环境的影响作出评价，规定防治的措施，按照规定的程序报经有关环境保护部门审查批准。环境影响评价制度是贯彻预防为主方针的卓有成效的法律制度。

“三同时”制度　新建、扩建、改建的建设项目，其防治水体污染的设施，要与主体工程同时设计、同时施工、同时投产。建设项目投入生产或者使用的时候，其水污染防治设施必须经过有关主管部门的检验，凡达不到规定要求的，都不准投入生产或使用。

排污许可证制度

工厂企业向水体排放废污水，必须向有关主管机关申报生产产品和工艺、排放废污水的设施、排放污染物质的浓度及其总量，经过批准后才能排放。排放污染物的种类、数量和浓度有重大改变时，应及时申报。拆除或闲置污染物处理设施，应当提前申报，并征得主管部门同意。

限期治理制度

有关地方政府可以对造成水体严重污染的排污单位提出限期治理的要求。逾期达不到要求的可限制、停止企业排放废水。

排污收费制度

按照企业向水体排放污水的数量、浓度，对排污单位征收排污费，要求污染者承担对社会损害的责任，促进其治理污染。排污费有两种形式：一是对排放的废水都征收排污费，另一种只对超过排放标准的废水收费。中国实行两种排污费都征收的制度。

水源保护区制度

根据水体特性及其使用情况，将河流分成不同功能的河段，提出不同的水质标准。对生活饮用水源地、风景名胜区水体、重要渔业水体和其他具有特殊经济文化价值的水体，划定保护区。保护区内禁止或限制工厂企业排放污水和进行其他有害于水质的行为。

水质监测和现场检查制度

主管机关定期对水体水质进行监测评价，有权对管辖范围内的排污单位进行现场检查。被检查单位必须如实反映情况，提供必要资料。主管机关对违反规定的排污单位，有权提出劝告、警告和罚款，并可发出停止排放的命令。

紧急事故强制处理制度

在生活饮用水源受到严重污染，威胁供水安全等紧急情况下，有关地方政府可采取强制性应急措施，包括责令有关企业事业单位减少或停止排放污染物。

维护水体自净能力制度　在调节、调度水资源时，要统筹兼顾，尽可能保证河流、湖泊合理的最小流量(最低水位)以维护水体的自然净化能力和生态平衡。