对于我国这样一个经济处于转型期、人口众多的发展中国家来说，现有的水质管理政策还远远不能满足经济持续稳定发展和水资源永续利用的需要，面临的挑战主要有一下几方面：

1、实现“十五”水污染控制目标任务艰巨。

2、大规模水利开发建设和水资源调配管理的挑战。

3、在实现社会经济全面小康的目标下，延续目前的社会经济发展模式对水环境直接构成威胁。

4、不同流域的污染成因及污染特征差异显著，增加了整体治理难度。

5、传统的有机污染还未彻底解决。

现行的水质管理政策较有效地遏制了多年来的水质恶化趋势，但仍存在一些问题：

1、国家水污染控制法规综合性强、覆盖范围广、规定较为原则，但内容不够具体、细致，可操作性较差，尤其与国家级法规相应的专项性、地方性法规偏少；政策法规修订步伐缓慢，不能满足水环境保护需要。

2、现有的法律体系不能满足流域集成管理的需要、不足以为流域管理提供有效的法律依据和保护。

3、忽视非点源污染的控制与管理。

4、强制性的政策手段较多，经济性调节政策、鼓励性政策、资源性政策手段偏少。

5、管理机构在执法与监督、水质评价、水环境监测和跟踪管理方面力度不够、能力有限；地方政府及环保部门从自身经济利益出发。

6、只强调政府机构在水污染防治中的重要作用。

为加强流域水质的管理，可采取以下措施：

1、健全的政策法规是改善、恢复水质的必要手段。

2、科学、严格地制定和实施水污染物排放总量控制制度。

3、强调以流域为单位的水污染综合治理。

4、强化经济手段在水质管理中的作用。

5、根据中国的国情国力适当提高水质标准（尤其是生活用水），增加有机物和水生物指标，并制定相关法规保证水质标准的实施及定期修改。

6、政策法规应鼓励并指导各级政府、各部门和公众在水污染控制上协商合作，尽快实现水环境数据情报的交流与共享，实行信息公开，同时促进信息技术在水质管理上的利用；建立适合我国国情的主要行业清洁生产工艺和环境标准认证制度，鼓励企业实施自愿性污染预防手段。