水质预测方法分两大类。一类是点源污染的预测方法，其实质是水体中水质运动演化规律的研究及其演算。包括：①建立相关统计模型，例如在河流水质预测中，建立水质与河流水文要素（如流量等）的关系；又如根据上、下游水质间存在的关系（多元相关）和混合物质的平衡原理，建立水质预测模型。②求解确定性水质数学模型，是根据成因分析、演绎推理而得，反映了一定物理、化学和生物化学作用的性质。模型求解后，主要用实测资料确定模型参数，进行验证和误差分析，然后用于实际预测。
另一类是面源污染的水质预测。这类预测的实质在于研究降雨、径流冲刷所产生的污水及其成分。研究产流、产污、汇流、集污和污水进入水体后水质运动演化规律。这类课题研究难度大，处在探讨发展之中。
