国内外的实践表明：实现水资源可持续利用必须依靠科学的管理体制。1998年我国第一部《水法》条文中虽然明确规定国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理工作，但由于分级、分部门的管理，人为造成水管理在不同部门和机构之间的分割，导致了权属管理部门之间与开发利用部门之间的相互矛盾，地表水与地下水、供水、用水与排水"_blank" href="/item/淡水养殖/2095245" data-lemmaid="2095245">淡水养殖由农业、渔业部门管理，工业用水由经济部门管理等等。由于1988年颁布的《水法》没有完全从体制上解决水资源统一管理，正是由于水管理体制的人为分割，才导致了水资源不合理的开发利用和资源的浪费。这种体制的弊端是导致地表水与地下水、供水与排水、水量与水质、城镇与农村的水管理，政出多门，分而管之。这种体制既不利于水资源合理配置，又不利于高效利用和有效保护，更不利于水资源的综合治理、综合开发，直接影响水资源的综合功能和综合效益，直接影响国家经济发展和社会进步，以及环境的改善，直接影响提高人民的生活质量和健康。由于不能实行水资源综合统一管理，甚至会产生在某一部门决策的效果会被其他部门所抵消。因此，加强水资源统一管理已成为当务之急。

水资源的统一管理的有机整体被人为分割，导致部门之间职能交叉和职能错位的现象并存。各部门之间的开发利用方针和目标缺乏统一和协调，政策法规、技术标准、定额体系和统计数据等方面也各自为政。几十年的实践证明，一龙治水、多龙管水，或多龙治水、多龙管水的体制已经严重束缚了生产力的发展，因此，体制已经成为解决水资源短缺的一大障碍，成为水资源的可持续利用和经济的可持续发展严重制约因素。

党中央、国务院多次指示，要从战略高度认识水的问题，要加强水资源的管理，实现水资源的可持续利用。1998年国家机构改革时，对水资源统一管理职能曾做了重大调整，但没有从法律上确立下来。2002年8月九届全国人大常委会第29次会议审议通过的新水法在水资源统一管理体制上终于取得了突破性的进展。新水法的目标首先是把经济可持续发展和水资源可持续利用作为一条主线贯穿了全部水法的修订。在水资源管理体制上吸取了10多年的经验教训，借鉴了国外行之有效的管理模式，强化流域管理和行政区域管理相结合的体制，使这次水法修订取得了新的突破性的进展。

新水法规定：国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制，这是历史经验的总结。机构的职能和管理体制要体现国家政策走向。目前中国的流域机构是水利部的派出机构，最近经国务院批准中编委批复的流域机构“三定”方案已首次明确流域机构是具有行政职能的事业单位，统一管理流域的水资源，但各级政府仍然是现行行政区域管理的主体。因此，借鉴国际上的水管理模式，必须结合中国国情、水情制定适合中国国情的管理体制。新水法规定实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制是符合中国目前实际的。