现阶段中国水资源保护重点应侧重于以下四个方面：①水环境污染应得到控制。②供水紧张状况应有所缓解。③饮用水源质量要有所提高。④尽快实现水资源开发与保护的良性循环。为此，应采取以下基本对策：①实行可持续发展战略。②建立、健全水资源监测系统——水资源监测网。它是提供水位、水量、水质动态信息的基础性设施，也是实施水量、水质监控的重要手段，应该优先建设，不断完善并使之达到现代化水平。在此基础上，提高水资源及水环境现场测试能力和快速反应能力，逐步建立自动测报和预警系统。③建立统一的水资源管理机构。建立统一的水资源管理机构是实现水量统筹调度、优化配置、污水排放控制的重要组织保证。为了保证水资源统一管理，有效协调各部门和单位的水事矛盾，管理机构应按大中流域或区域地下水系统来设置。对跨界的流域和地下水系统，应加强边界水体的监测、控制，积极推广行政区之间的协商制度和用户的听证会制度。④完善水资源保护的法律体系。改善中国水资源不合理状况的另一重要途径就是依法治水，走法制化的道路，依法取水，依法排污，节约用水，严格按照《水法》、《水污染防治法》、《环境保护法》等一系列法律办事。同时，还应结合水资源开发利用规划，制定适合本流域(或地下水系统)具体条件的配套法规，使水资源保护法制化、制度化。⑤加强水资源的科学研究。为了使水资源开发利用更合理、更科学，保护工作有的放矢，首先应加强对水资源的科学研究，不断提高对水资源系统的认识，包括水资源在地球自然资源体系中的位置和作用，与其他资源的关系，揭示其形成和演化的机理及在空间和时间上的变化规律，研究人类经济活动引起的水资源和水环境的变化，探索如何在变化的环境中持续开发利用水资源的科学途径。同时，还要研究水资源调查、监测、评价、规划、利用、养涵、污染防治、科学用水、节约用水、提高用水效率等各方面的先进技术方法，以达到全方位提高中国水资源保护的科学水平。⑥加强水资源保护的全民教育。要广泛宣传水资源保护的意义，使群众了解、熟悉其重要性，真正认识到水资源是当代和子孙后代的共同财富，珍惜每一滴水，牢固树立“保护水资源，人人有责”的思想。