水运工程效益主要包括国民经济得到的宏观效益，水运企业(部门)得到的财务效益和社会得到的社会效益。
国民经济效益是指完成设计运输任务后对国民经济所做的经济贡献，即有水运工程项目与无水运工程项目在投入费用、运输费用、装卸费用、维护费用等几方面进行比较，计算所节约的费用。
企业财务效益是指由于水运工程建设后，扩大了通航能力，改善了运输条件，提高了劳动生产率，降低了运输成本，从而使水运企业扩大了净收人额，即水运企业经营的净利润。
社会效益又称波及效益，即有了该水运工程项目以后，可能对社会产生的非定量的影响。如改善航运条件，提供生活、工业用水，吸引沿河建厂、建港，促进地区发展等 。
