举凡劳动生产率水平，固定资产利用程度，燃料、物料消耗水平，货币资金运用情况，运输服务质量，以及经营管理水平等，都能在水运成本中有所反映。因此，水运成本既是考核航运企业经营管理水平的重要指标，也是作出企业经营上最优化决策的依据。以尽量少的物化劳动和活劳动消耗创造尽可能多的运输产品的成本管理，是航运企业经营管理中的一项重要内容。

水运成本管理包括成本计划、成本控制、成本核算和成本分析。①成本计划：费用支出发生以前，以货币的形式为航运企业完成一定的客货运输量规定活劳动和物化劳动的消耗限额。它用于指导、监督、控制、考核和评价航运企业的经济活动。②成本控制：对成本计划中某些项目，如燃料消耗、物料消耗、人员编制等，通过调查研究，根据大量的统计数据，从具体情况出发，制定切合实际的定额，并结合奖惩制度，对费用开支进行控制。③成本核算：按照航运企业业务经营和管理的需要，对已发生的费用支出进行归集和计算。④成本分析：根据成本核算的资料，对比成本计划，从各费用要素的增减变化和成本的结构变化，对影响成本高低的主要因素和原因进行分析。根据成本分析，可寻求降低成本的途径。

成本管理中，成本核算既是检查和监督成本计划和各项定额执行情况的重要手段，也是进行成本分析、编制新的成本计划和制定新的定额的主要依据，因此是成本管理的核心。成本核算是指按照费用的性质和用途，以航运企业所经营的不同业务（或不同船舶、不同航线、生产周期）为对象，在各项业务间归集费用，并计算表明各项业务总的费用水平和费用结构的总成本，以及表明单位产量或工作量的成本。

航运企业所经营的主要业务是运输业务，因此，首先以单一的运输业务为对象归集费用，综合计算运输总成本和单位成本。除此以外，根据生产过程、生产周期和生产组织的特点，以及业务经营和管理的需要，水运成本核算还可是：①以营运船舶为对象，分船归集费用，核算单船成本。②以不同的运输业务为对象，分别按客运和货运归集费用，核算客运成本和货运成本。③以营运船舶就航的航线为对象，按航线归集费用，核算航线成本。④以一个生产周期即航次为对象，按航次归集费用，核算航次成本。由于船舶是航运企业的基本单位，而且按费用发生的地点归集费用是会计核算的基本方法，因此单船成本是上述几种成本核算的基础。有了单船成本，即可计算客运成本和货运成本，以及航线成本。航次成本是单船成本按航次的分解。远洋运输航线长，航次时间也长，不同航线的不同航次、同一航线的不同航次的航次成本差别很大，加以大宗货的运输多数是以航次租船（见租船合同）的方式承运，因此，航次成本核算的工作量虽然很大，在远洋运输中仍不可少。

规定费用开支范围，按照规定的开支标准和提存比例计算应计的费用，是保证水运成本核算准确性，按照不同的成本核算对象进行成本核算的第一步。船舶运输成本应计入的费用主要有：包括船员和管理部门职工的工资及按工资总额计提的工资附加费；包括船舶在内的生产和管理部门耗用的燃料、物料、低值易耗品、工属具、劳保用品等费用以及外付的装卸费、动力及照明费；按照规定提取的船舶和其他固定资产的基本折旧基金、修理基金及中小修理费用；船舶的港口费、货物装卸费及代理费；船舶海损、机损和运输过程中发生的货损、货差等事故损失的赔偿金；生产和管理部门发生的其他应计入成本的费用。

水运成本核算的准确性，还决定于费用项目分类的合理性。为了研究和分析水运成本变动的情况及其原因，需要按照成本核算不同对象的要求，对费用项目进行合理的分类。最常用的分类方法主要有以下几种。