传统江河测量中，需要预先设置标杆或浮标等标识物以控制测量载体的航线，不仅准备工作繁重，而且受通视、工况、夜暗条件限制较大由于GPS定位系统具有良好的导航功能，在主控计算机管理系统中建立导航模块，并在移动站配置TSC1测量控制器或移动PC作为导航显示器，通过主控站预先设置测量并向测量载体发送导航信息，移动站接收并显示导航信息，及时纠正航向。移动站通过使用专业水上测量软件，如MDCS或自主开发测量软件，当测量载体达到预置测线时，计算机自动记录GPS的定位数据回声测深仪测得的水深数据和数字流速仪测得的流速数据，当离开设定测线位置时自动停止

进行水下地形测量时，一般需要预设测量网，测量网的构建通常有断面法和散点法两种方法，在采用断面法设计测量线时，布设的断面应尽量与航道(或深槽或岸线)垂直，河道弯曲处，断面一般布设成辐射状。

在水道顺直的情况下只需1个断面起止点的坐标即可，然后采用平移、径向延伸、发散等方式产生不同形式的测量线该工作可通过编程实现，亦可借助专业软件自动完成如美国Motorola公司的差分GPS水道测量软件，可根据水道情况产生阶梯式测量线、辐射状测量线、搜导式测量线、中心测量线，最后产生测量线文性。

对于江河横断面测量，可向计算机输入断面两端点的坐标，即可在主控计算机显示器或移动站导航显示器出现断面线，同时显示测量载体位置及导航信息在已进行了水下地形测量情况下，可以根据所测数据通过数学方法拟合出水下三维地形，然后通过计算机编程提取江河横断面测点信息，进而生成江河横断面图。