二队原称江西省重工业局十三地质队，于1970年7月由江西有色冶金地质勘探公司六一六队、六一七队合并而成。
六一六队、六一七队于1961年组建，其前身为1953年成立的中南有色局地质勘探公司二〇三队以及赣南粤北地质勘探大队四分队。
1970年12月底，赣州专区和省重工业局撤销十三队，于1971年1月与江西省地质局九〇八队合并，其投资、计划、设备仍由原系统管理。
1972年8月5日，江西省重工业局恢复十三队。同年10月28日，冶金工业部决定恢复江西冶金地质勘探公司，十三队更名为江西冶金地质勘探十三队。
1978年1月24日，更名为江西冶金地质勘探二队。
1983年10月，更名为中国有色金属工业总公司江西地质勘探二队。
2000年12月12日，更名为江西有色地质勘查二队。
