根据上述职责，省交通运输厅内设11个处（室）。

（一）党委办公室（直属机关党委、宣传处）。

负责厅机关和在昌下属单位的党群工作。督办厅党委决定、决议的执行情况；负责党员教育，基层党组织建设和党员发展工作。负责宣传报道工作。

（二）办公室。

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、政务公开等工作。督办厅行政决定、工作部署的执行情况。

（三）政策法规处。

组织起草相关地方性法规规章草案；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承办相关行政执法、行政复议和行政应诉工作；组织开展政策研究；指导交通行业体制改革工作。

（四）规划处。

组织编制公路、水路运输体系规划，承担有关协调工作；组织起草相关行业发展战略和规划，参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；承担有关规划和建设项目的审核工作；提出省有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施；组织编制港口规划，承担岸线使用审查工作；承担有关利用外资、统计工作。

（五）基本建设监管处。

承担公路、水路建设及其市场监管工作，拟订公路、水路建设相关政策、制度和技术标准、技术规范并监督实施；承担省内高速公路及重要干线路网运行监测和协调；承担省重点交通工程设计变更的初审、施工许可、实施监督、竣工验收工作；承担公路标志标线管理工作；指导农村公路建设工作。

（六）财务审计处。

承担公路、水路行业有关投融资政策拟订工作，承担专项资金、预决算、政府采购、外汇、信贷有关工作；承担机关和直属单位财务及资产管理、内部审计工作；起草公路有关规费政策并监督实施。

（七）运输处。

承担城乡道路运输市场和水路运输市场监管工作；拟订公路、水路运输等相关政策、制度和标准并监督实施；指导城市客运管理；承担运输线路、营运车辆、枢纽、运输场站等管理工作；承担车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担公共汽车、城市地铁和轨道交通运营、出租汽车、汽车租赁等的指导工作；承担跨设区市客运管理；按规定承担物流市场有关管理工作。承担港口、航道及设施、通航建筑物、引航管理工作；承担船舶代理、船舶管理、理货、港口设施保安、无船承运、船舶交易等管理工作；起草水路有关规费政策并监督实施。

（八）安全监督处。

拟订并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关公路、水路运输企业安全生产、交通工程建设安全生产监督管理工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；按规定组织协调重点物资运输和紧急客货运输。

（九）组织人事处。

负责机关和下属单位的机构编制和人事管理工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作。

（十）科技教育处。

组织拟订公路、水路行业科技、教育、信息化政策并监督实施；组织协调有关重大科技项目研究；指导行业节能减排工作；承担有关标准、质量和计量工作；承担公路、水路运输体系的标准协调工作。

（十一）路航管养处。

承担公路养护和航道养护监管工作，拟订相关的政策、技术标准和技术规范并监督实施；承担运营高速公路改建、大修、养护工程和重点航道养护工程的施工图设计、设计变更、工程决算的审查工作并组织验收。

省交通战备办公室。为省国防动员委员会的办事机构。组织制定交通战备建设规划，对全省交通通信建设规划和交通通信设施建设提出国防要求，编制战时保障方案。

离退休干部管理处。负责机关离退休干部工作，指导下属单位离退休干部工作。

纪检组（监察室）。为省纪委（省监察厅）的派驻机构，与纪委合署办公。