根据上述职责，市公共资源交易市场管理委员会办公室内设3个职能处。

(一)综合处

负责机关的政治思想、行政管理和综合协调工作;负责综合目标考评、综治、节能工作;负责机关的组织、人事、劳资、财务、文书、文印、档案、信访、保密和行政后勤工作;负责工作计划、内部管理制度的拟定，综合性方案、材料起草及调研工作;负责推进本单位的政府信息公开工作;负责重要会议和重大活动的组织及对外联络接待工作;负责机关的财务和资产管理工作。

(二)业务处

负责组织制定各类公共资源交易管理办法;负责市场交易规则和流程及各项交易管理实施办法的备案;负责公共资源交易市场信息化建设工作;负责各类公共资源交易评标专家库的管理，建立专家的准入和退出机制;负责各类公共资源交易会员库的建设和管理;负责对交易中心交易业务的指导、协调和管理;负责对派驻交易中心窗口单位的协调和管理;负责对县(区)公共资源交易中心进行业务指导;负责组织各类公共资源交易业务培训;协助市场监管处开展交易督查工作。

(三)市场监管处

负责对招标公告、招标文件、中标通知书等各类公共资源交易文件进行审核;负责组织监督检查各项公共资源交易管理办法、制度执行的落实情况;负责监督评标专家的抽取;负责对交易项目的现场监督，对违法违规行为进行纠正;负责会同相关部门建立投标人(竞买人、受让人)、投标担保机构、中介组织、评标专家等相关单位和人员的从业信誉档案及信用评价制度，实行动态管理;负责交易纠纷的协调与投诉的受理、调查和督查;负责会同相关部门对各县(区)公共资源交易工作进行年度考核;负责对市场准入等有关制度和招标投标责任追究制度执行的日常工作。

机关党总支。负责机关和下属单位的党群工作。

纪检组(监察室)。为市纪委(市监察局)的派驻机构。