根据2021年8月学院官网信息显示，学院设有3个研究所，1个国家工程研究中心，1个国家重点实验室，1个教育部工程研究中心，1个省部共建协同创新中心，1个南京市程技术研究中心。
国家工程研究中心：水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心
国家重点实验室：水文水资源与水利工程国家重点实验室
教育部工程研究中心：教育部水利水电工程安全工程研究中心
省部共建协同创新中心：水安全与水科学省部共建协同创新中心
南京市程技术研究中心：南京市土工合成材料工程技术研究中心
研究所：水工结构研究所、水力学及河流研究所、水利水电工程研究所
其他科研平台：大坝长效特性及环保修复技术中西联合实验室等
根据2021年8月学院官网信息显示，学院先后承担国家重点研发计划项目，国家自然科学基金重点项目等重大国家级研究课题，参与研究并解决了三峡、南水北调、溪洛渡、水布垭、锦屏、小湾等国家重大水利工程的关键技术难题，每年承担100多项各类水利工程生产项目的研究及咨询。近五年来，学院科研经费达3.1亿元，发表SCI论文400多篇，出版专著10部；获国家科技进步奖4项，省部级科技进步奖46项，授权发明专利500多项。
