现代油气成因理论认为：石油主要是由有机质生成的。生物有机质沉积后首先在生物化学和化学的作用下，经分解、聚合、缩聚、不溶等作用，在埋深较大的成岩作用晚期成为地质大分子－干酪根，之后，随着埋深的进一步增大，在不断升高的热应力的作用下，干酪根才逐步发生催化裂解和热裂解形成大量的原石油。但是，也有一部分有机质（主要是类脂化合物）不经过干酪根就直接以可溶有机质（相当于原石油）的形式存在于富含有机质的细粒岩石中，在干酪根在热力的作用下开始大量生油之前，这一部分的数量通常很少，不足以排出并聚集成为有工业价值的油藏，但是在有利的条件下（如树脂体、木栓质体等特殊类型有机质的富集、强烈的微生物活动和改造等，这些将在以后展开论述），有机质也可以在浅埋的阶段早期生成较多的油气，并排出、聚集成为具工业意义的油藏。而天然气的生成实际上是一个从有机质沉积后直到其生气潜力被彻底消耗之前一直在进行的过程。但它的大量生成集中在两个阶段，一是由干酪根受热生成，但它大量生成所需的热力条件高于干酪根成油，二是浅埋的早期阶段在厌氧微生物作用下可以大量生成。但多数情况下，由于浅埋时保存条件不佳，所生成的相当部分生物气都散失殆尽，必需有良好的保存条件配合，才能大规模成藏。如我

国的柴达木盆地由于高盐度的沉积环境和较低的温度抑制了浅表微生物的发育和繁殖，使生物气的生成期滞后到保存条件较好的埋深较大的条件下。而俄罗斯的西西伯利亚盆地生物气的大量富集则与寒冷的气候和水合甲烷气提供的优质保存条件有关。同时，在有机质转化成烃的过程中，可能有无机组分（如地热流体和环境中的水）的参与和加入，对天然气来说，尤其是非烃气，可能有幔源气的贡献。纯无机过程（机理）的成烃虽然不能完全排除，但迄今尚没有一个有商业价值的油气田的实例，因此，它尚不能成为指导油气勘探的实用理论。

按照这一理论，有机质的早期成烃说和晚期成烃说就被统一起来了，它们实际上只是有机质成烃过程的两个阶段，只不过不同阶段的成烃量和影响因素不同，一般以后一阶段产烃为主。同时，在有机质成烃的过程中，可能有无机组分的参与和加入。