太湖流域综合治理规划的任务：以防洪除涝为主，统筹考虑供水、航运和改善水环境的效益。规划的原则是：统筹兼顾、综合治理、全面发展、分期实施。
治理洪灾是流域治理的首要任务，流域下游主要防洪保护区地势低洼而又是产业集中地区。流域治理需统筹低洼地区的排涝。
流域内工农业需水量较大，遇干旱年份，流域年降水量减少到正常年份的50%～70%，工农业缺水比较严重。黄浦江污染问题尚未得到有效治理，需向黄浦江补充清水，改善上海市取水口江段水质，因此，供水也是太湖流域治理的一项重要任务。
在流域治理中还充分考虑水运的要求，尽量不设闸，少设闸，论证后非设不可的地方，在通航工程尺度上满足通航要求 。
