通过治太骨干工程的建设，太湖流域的防洪除涝条件、水环境和航运条件得到了较大改善，供水能力也进一步提高。如再遇1954年型大水，太湖最高水位将不超过4.65m（1954年实况水位），下游平原地区洪水位均有较大幅度降低，保证流域整体安全。治太工程完成后，各地区对当地局部暴雨的防洪标准一般都已提高至10～20年一遇。各区供水条件亦将有较大改善，如遇1971年型枯水，沿长江可引水76亿立方米，显著抬高湖西、武澄锡虞、阳澄淀泖、杭嘉湖等区的河网水位，加大黄浦江净泄流量，改善上海市黄浦江取水口江段水质。

治太骨干工程建设过程中，流域遭遇了1993、1995、1996年的三次常遇洪水及1999年流域特大洪水，已建工程均发挥了应有的减灾效益。

1999年6～7月，太湖流域发生了历史上有记录以来的特大洪水，太湖最高水位达5.08米，超过设计水位0.43米，治太骨干工程发挥了重要作用。尽管1999年洪水规模大于1991年，但通过已建治太工程的调度运用，流域洪涝灾害却远小于1991年并降到了最低程度。初步估算，1991～1999年，建设中的治太工程减灾直接经济效益约158亿元（其中1999年为92亿元），为同期治太工程建设投入的2.5倍，充分证明了国务院治太决策的正确性。同时，在1999特大洪水中，治太已建工程普遍超设计标准运用，但各类建筑物安全运行，经受了考验。实践证明，治太工程的建设质量是好的 。