根据上述职责，市交通运输局设9个内设机构。

（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案、值班、后勤、应急等工作；承担文件起草和政务公开、保密、宣传、外事等工作；负责机关及所属单位的党群工作。

（二）运输管理科（出租汽车行业指导办公室）。负责全市道路、水路运输市场监管工作；参与拟订相关政策、制度和标准并监督实施；负责与有关部门建立综合运输体系协调配合机制；指导全市运输线路、营运车辆、交通枢纽、运输场站等管理工作；参与拟订全市物流业发展有关政策和标准；指导车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担指导公共汽车、城市地铁、轨道交通运营及出租汽车、汽车租赁、道路客运、汽车出入境运输管理等工作。

（三）政策法规科。负责办理交通运输行业的行政审批事项；协调处理本部门行政审批项目运行中相关问题；承担交通运输规范性文件的合法性审核工作；负责交通运输行业的法制普法宣传教育，监督行业行政执法工作；承担行政复议、行政诉讼工作。

（四）综合规划科。会同有关部门组织编制全市综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织拟订相关行业发展战略和规划，组织拟订全市物流业发展战略和规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；提出国家、省、市有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施；参与全市公路、水路工程设计审核或审批；负责公路标志标线管理工作；负责有关环境保护、利用外资、统计、信息工作。

（五）财务科。监督全市公路、水路交通运输行业财务工作。承担专项资金、预决算、政府采购、外资、信贷有关工作；负责机关和所属单位财务及资产监管、内部审计工作。

（六）人事劳动科。负责机关和所属单位的人事工资、机构编制、劳动保护和离退休干部的管理工作。指导全市交通运输行业人才队伍建设工作；承担有关智力引进工作；承办业务主管社会团体相关事务。

（七）建设管理科。负责全市公路、水路建设市场监管工作；参与拟订公路、水路建设、维护相关政策、制度、技术标准并监督实施；负责市重点公路、水路等工程施工许可、实施监督和竣工验收工作；指导农村公路建设、维护工作；负责公路、水路运输场站的建设监督管理。

（八）路政管理安全监督科（济源市车辆超限超载治理工作办公室）。参与拟订公路路政相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责全市高速公路、国家和省干线公路、农村公路路政管理以及超限运输治理工作；参与高速公路及重要干线公路运行监测和协调，参与实施交通管制；指导公众出行路况信息服务和咨询工作；参与实施绿色通道、抢险救灾、农机跨区作业等通行费减免工作。组织拟订全市公路、水路安全生产政策和应急预案并监督实施；指导有关安全生产；负责有关道路、水路运输企业安全生产监管工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；组织协调国家重点物资运输和紧急客货运输。

（九）科技科。拟订全市公路、水路行业科技、教育、信息化发展规划并监督实施；参与有关标准、质量和计量工作；指导行业节能减排工作和指导系统企业管理工作；承担信访工作。