按主轴布置情况可分为卧式深孔钻床、立式深孔钻床和三坐标式深孔钻床；
按常用的深孔钻削加工系统分类主要有枪钻机床、BTA单管钻机床、喷系钻机床；
按运动形式分类：工件旋转，刀具作进给运动、工件不动，刀具旋转又作进给运动；工件旋转，刀具作反向旋转又作进给运动 。具体采用何种方式则依据工件特征及所加工孔的情况而定。
按排屑方法分类：切削液通过中空的钻杆内部，到达钻头头部进行冷却润滑，并将切屑从钻头及钻杆外部的V型槽排出的外排屑方式，如枪钻。切削液从钻杆外壁与工件已加工表面之间进入，到达刀具头部进行冷却润滑，并将切屑由钻杆内部推出的内排屑方式，如BTA钻。
