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工业工程系有一支高素质的教师队伍,现任系主任为申作军教授(卓越访问教授),工业工程系的教师队伍共35人,其中教授12人,副教授17人,助理教授4人,助理研究员2人,共50多人次在国际学术组织或学术期刊任职。行政挂靠工业工程系的清华大学统计学研究中心另有教师14人。