清华大学机械工程系系徽主体图案为齿轮，主体图案中嵌入有“机械工程系”中文名字和英文简称“ME”文字，数字1932代表建系时间，下方为毛泽东主席题写的清华大学名称，系英文全称“Department of Mechanical Engineering,Tsinghua University”环绕外圆，外圆沿用了清华大学校徽的圆面。
团委
机械系团委接受机械系党委学生工作组及清华大学团委的直接领导，其工作主要在思想教育、社会实践、素质拓展、志愿公益、基层组织建设及干部培养等方面开展。
学生会
机械系学生会是机械系三大学生组织之一，主要承担为同学服务的职责，倾听同学需求，建设系内民主，聚焦权益发展，加强网罗资源，打造品牌文体，积极对外发声。
学生科协
机械系学生科协受机械系党委学生工作组及清华大学学生科协领导，其职责在于统筹校系学术、科创资源，为机械系同学的学业、科研发展助力，通过举办科创赛事、科技培训、组建兴趣团队提升系内课外科创活动氛围。
TMS分会
机械工程系TMS分会是清华大学学生马克思主义学习研究协会（Tsinghua Marxism Students’ Study Society，简称TMS协会）在机械工程系的分支组织，同时受校TMS协会和机械工程系党委学生工作组的领导。
研究生团总支
清华大学机械工程系研究生团总支（简称“系研团”）受机械工程系党委研究生工作组和清华大学研究生团委的共同领导，是党组织和团组织联系青年学生的桥梁和纽带，以倡导研究生“自我教育、自我管理、自我服务”为工作原则，以全心全意为同学服务为工作宗旨，是广大研究生自我学习和成长的舞台。
研究生会
清华大学机械系研究生会（简称机械系研会）是机械系研究生工作组领导下的研究生组织，同时受清华大学研究生会统筹指导开展具体工作。机械系研会以全心全意为服务同学为工作宗旨，倡导研究生“自我教育、自我管理、自我服务”为原则。在学校以人才培养为目标的总体思路下，机械系研会围绕研究生相关的学术、体育、文化等主题展开具体工作，为广大研究生营造良好的成长、成才氛围，提升集体凝聚力。
科技竞赛
根据2020年5月清华大学机械工程系官网显示，机械工程系开展“挑战杯”竞赛、“挑战杯”学生课外学术科技作品竞赛、清华大学机械创新设计大赛、机械迷城大赛、新生机械创意大赛等活动。 
文体活动
研究生文体活动：机械系开展研究生文艺体育活动：新生舞会让同学们更快的融入集体；“健行杯”系内篮球、足球、羽毛球赛增进了同学及师生之间的友谊；“一二九”革命歌曲演唱会让人铭记那段峥嵘岁月；体育俱乐部为常态化体育的开展提供了平台。机械系荣获2018~2019 学年研究生“一二九”革命歌曲演唱会艺术水准奖，2018~2019学年研究生运动会甲组总分第一。 
本科生文体活动：根据2020年5月清华大学机械工程系官网显示，机械系自院系合并以来已开展8次学生节，分别为2011年“觉醒纪”；2012年“几度十八”；2013年“红心J”；2014年“钜械座”；2015年“匠心”；2016年“器语”；2017年“熔铸”和2018年“带着ME去流浪”。 
社会实践
研究生社会实践活动：研究生社会实践活动主要由研团总支就业实践部负责，每学期都会组织开展学期中短期参观实践和寒暑假就业实践活动，旨在拓宽该系研究生就业视野和就业面，2018-2019年度，机械系就业实践部共派出寒暑假出行支队7支，其中5支被评为校级重点支队（暑假出行2支支队均获得银奖支队，寒假派出的3支支队有望冲击金奖支队和金奖个人）。
本科生社会实践：机械系将社会实践与学生的思想教育、专业学习、集体建设、社会服务和择业就业相结合，每年暑假组织20余支实践支队前往祖国的大江南北进行实践调研。此外，机械系也在清华大学范围内率先开展院系级实践项目，“机械力量”自2013年开始已经成功举办六期，其中第三期和第六期分别获得清华大学学生社会实践金奖支队称号。 
志愿服务
研究生志愿服务：组织每学年四到五次大型志愿献血活动，宣传无偿献血精神；策划组织爱上实验室活动，以实验室参观形式，为不同院系的同学提供深入交流的平台，促进清华实验室建设；组织研究生到“星星雨教育研究所”进行孤独症儿童陪护活动；承办清研智播间和清研说，以线上视频形式传播文化知识，展现研究生的风采；招募校史讲解和校园讲解的志愿者；招募其他重大志愿活动的志愿者；宣传各院系的志愿活动等。机械工程系特色志愿活动包括品牌特色志愿活动“我的专业我代言”，以及新办活动“英你而在，友我同行”中外学生互助活动等。
本科生志愿服务：机械紫荆着眼于“助盲公益”、“关注教育”、“服务师生”三个方面，开展“你的声音，我的视界”、蒲公英支教、联合义诊、移动兑换等多个志愿项目。其中，“你的声音，我的视界”（助盲系列志愿活动）影响力逐年扩大，2015年获评“我最喜爱的志愿项目”第一名，2016年荣获清华大学首届优秀志愿项目铜奖；“联合义诊”项目亦荣获2016清华大学优秀志愿项目铜奖。
中外交流
中外学生文化交流：组织国际学生参观长城颐和园等名胜古迹，开展“Buddy Program”一对一中外学生交流活动。
国际学生学术引导：组织国际新生走访实验室、组织国际新生开学典礼暨选课活动、组织学术性讲座Top Talk。
