根据上述职责，市交通运输局设6个职能处室。

（一）办公室

组织协调局机关政务工作；负责文秘、会务、信息、信访、机要、保密、档案、安全保卫、责任目标管理和机关后勤行政管理；负责市人大代表建议、市政协提案的办理；承办全市有关交通运输应急的宣传工作，配合局机关相关处室开展重要主题宣传活动，承办行业性新闻发布活动。

（二）政策法规处（挂“行政审批管理处”牌子）

指导全市交通运输行业的体制改革、法制、科研、技改和节能减排工作；组织拟订交通运输相关政策，起草有关交通运输行政管理的规范性文件；负责交通运输系统的执法监督和行政复议、应诉工作；指导相关企业的改革改制及相关工作，并按权限和分工管理相关企业的国有资产；组织拟订交通运输行业科技计划；管理交通运输科技项目、科技成果的推广应用和交通运输科技情报工作；监管和协调局机关及下属单位的行政审批工作。

（三）运输安全处

组织拟订有关道路运输、水路运输、城市客运、港口、物流行业的政策、制度和标准；协调重点物资、紧急物资、抢险救灾物资运输和春运、军运工作；会同有关部门拟订和审核各类运输价格；负责道路运输、水路运输、城市客运、出租车和港口的行业管理，维护运输行业公平竞争秩序；指导城乡客运有关设施的规划和管理；负责全市交通运输行业综合统计工作；指导协调全市物流业发展，综合管理现代物流业；组织全市性综合交通运输应急保障，拟订并监督实施应急保障预案，指导应急处置体系建设；指导道路运输、水路运输、港口、城市客运、出租车、物流行业的安全生产管理，组织相关安全生产检查，参与特大交通事故的调查和处理；协助、配合有关部门管理车站、港口（码头）的治安；指导运输行业的维稳、社会治安综合治理、平安建设和流动人口计划生育管理。

（四）规划财务处

组织编制全市交通建设发展规划、专项规划、中长期规划；组织编制年度资金计划、项目前期计划；组织交通建设工程项目建议书（可行性研究报告）的编制或审查；组织实施并督促检查年度资金计划、项目前期计划；组织编制交通运输年度部门预算；负责全市列入省交通建设计划项目的资金财务管理和市本级交通基础设施建设项目的资金筹措调度及财务管理；归口管理交通规费；负责公路车辆通行费征收的行业管理；负责交通经费的申报，并对其使用情况进行监督；协助有关部门组织对局属单位的相关检查，指导并监督交通专项资金和局属单位经费的使用；指导全市交通运输行业的财务与审计工作；按权限管理局机关及下属事业单位的国有资产。

（五）建设管理处

组织编制、实施和检查交通基础设施建设项目年度建设计划；组织协调公路、港口、航道工程项目建设，负责限下项目初步设计审查、审批和限上项目的审查、报批；参与或组织公路、水路工程项目竣工验收；会同有关部门管理交通工程施工企业及其人员的资质，维护交通基础设施建设市场秩序；指导交通基础设施建设项目的监理、质量技术监督和造价定额工作；指导路政、航政管理。

（六）组宣人事处

指导局下属单位的党群工作；按权限管理局属单位领导班子和局管干部；组织拟订年度新闻工作计划，组织开展对外新闻宣传工作；承办以交通运输为主题的市新闻发布活动的相关工作；负责局机关和下属事业单位组织人事、机构编制管理；负责行业精神文明建设；负责对外合作和交流相关工作；配合民政部门做好本系统相关社会团体管理工作；负责局机关离退休人员的管理服务，指导局属单位的离退休人员管理服务。