根据上述职责，市水利局设6个职能处室。

（一）办公室

负责文秘、会务、机要、档案等机关日常事务工作；承担信息、保密、综治、信访、政务公开、宣传等工作；组织拟订重点课题调研计划；指导全市水利信息化工作；负责局机关及直属单位的机构编制、人事管理和直属单位的党群工作；负责局机关规章制度建设；负责局机关并指导直属单位离退休人员的管理服务工作，指导全市水利队伍建设。

（二）财务与审计处

拟订本部门财政预算；监督管理市级水利资金和直属单位国有资产；指导直属单位财务管理工作，组织审计直属单位经济活动情况；负责局机关财务；提出有关水利价格、收费、信贷建议。

（三）规划计划处

组织拟订全市水利发展中长期规划，组织拟订和审查市内主要河流和重点地区水利综合规划、专业规划和专项规划，协调流域开发工作；组织拟订市直管重点水利项目建议书和可行性研究报告；指导水工程建设合规性审查；审核市级重点水利水电项目建议书、可行性研究报告和环境影响评价报告；负责市级水利投资计划管理工作；指导市级水利项目的绩效评价工作；承办水利综合统计工作。

（四）建设管理处（挂“安全监督处”牌子）

组织实施水利工程建设的监管，监督水利建设行业技术标准、规程、规范、定额的实施，审核、审批有关水利水电项目初步设计；指导水利建设市场的监督管理，负责水利工程咨询、设计、监理、施工、检测、造价、质量与安全监督的管理，负责市级水利工程的招投标管理；依法承担水利行业安全生产工作，指导水库和堤防的安全监管，组织实施水利工程建设安全监督；组织、指导水利工程项目稽查；组织拟订全市水利科学技术发展规划，组织、指导全市水利科学研究、技术推广及对外合作交流工作；承办基建项目统计工作；组织市级重点水利工程验收；承担市水利学会日常工作。

（五）水政处（挂“行政审批管理处”牌子）

指导、监督水政监察、水行政执法工作；监督水利法律、法规、规定、规划、行政许可的实施；组织、协调、指导水事纠纷的处理；承办水利行政诉讼、行政复议及行政赔偿工作；组织、指导水利法制宣传教育工作；监管和协调局机关及下属单位的行政审批工作。

（六）监察室

监督检查驻在部门及所属系统贯彻执行党的路线方针政策和决议，遵守和执行国家法律法规、党内法规和上级党委政府决定、命令的情况。监督检查驻在部门党政领导班子及其成员维护党的政治纪律，贯彻执行民主集中制，选拔任用干部，贯彻落实党风廉政建设责任制和廉政勤政的情况。经批准，初步核实驻在部门党政领导班子及其成员违反党纪政纪的问题；参与调查驻在部门党政领导班子及其成员违反党纪政纪的案件；调查驻在部门的科级干部及所属单位负责人违反党纪政纪的案件及其他重要案件。协助驻在部门党政领导班子组织协调驻在部门及所属系统的党风廉政建设和反腐败工作。受理对驻在部门及所属系统党的组织、党员和行政监察对象违反党纪政纪行为的检举、控告，受理驻在部门及所属系统党的组织、党员和行政监察对象不服党纪政纪处分决定的申诉和依法应由纪检监察机关受理的申诉。承办市纪委、市监察局交办的其他事项。