根据上述职责，市交通运输局设6个内设机构。

（一）办公室

协调局机关日常事务工作；指导全系统办公室业务工作；负责文秘、综合调研、政务公开、宣传、信息、信访、保密、文书档案工作；负责人大代表建议、政协委员提案的办理工作；负责起草综合性文稿、重要报告、史志、年鉴；负责拟定机关各项管理制度；组织协调局重要会议、重大活动，负责日常公务接待、后勤保障和机关安全保卫工作；指导全系统爱国卫生创建工作；承办局领导交办的其他事项。

（二）组织人事科

具体负责组织、人事、统战和老干部工作；指导交通运输行业队伍建设；负责制定全局党组织、领导班子和党员队伍建设规划与年度计划，并组织实施；负责党代会、人大、政协等代表的政审和选举，以及局属单位的党组织换届选举工作；负责局机关和直属单位的机构编制、组织人事和劳动工资工作；负责局管干部和直属单位领导班子管理；指导交通运输行业人才、职称、职业资格和技能鉴定工作；负责局管干部人事档案管理并指导下属单位干部人事档案管理工作；负责归口报表统计和党费收缴管理工作；承办局机关和局属单位出国（境）报批和政审工作；承担统战及机关离退休干部管理工作。

（三）财务审计科

指导实施交通行业有关财务会计规章制度；组织交通建设资金的融通、统筹和调度；负责局管交通资金的拨付及使用监督；管理交通经费、预决算、外汇、信贷及利用外资等有关财务工作；负责交通规费征收管理；负责局机关财务会计日常管理工作；负责组织局机关和基层单位的内部审计工作。

（四）综合计划科

组织编制公路、水路、地方铁路等交通运输行业发展规划，编制年度实施计划；拟定交通运输行业发展战略、投融资政策；负责港口及港航设施建设使用岸线的布局规划及审查工作；负责交通基础设施建设项目的前期工作、设计审查和后期评价工作；负责交通运输行业统计工作；负责拟定本行业科技政策、中长期科技发展规划及年度科技项目计划；负责交通外向型经济、交通科技、扶贫等管理工作。

承担交通建设市场监管和基础设施建设管理工作；负责交通基础设施建设项目的竣工验收工作；负责交通建设市场动态管理和监督检查，维护交通建设市场公平竞争秩序；监督管理交通运输行业和产业项目招标投标工作；负责交通建设市场主体的资质资格管理和信用管理；负责交通工程建设实施阶段程序管理。

（五）行业管理科（港口管理科）

贯彻执行《港口法》，负责组织辖区内港口公用设施的建设、维护和管理；负责港区和港口辖区码头（含业主码头）锚地、进港航道、航标、仓储、运输、装卸等行业管理；负责港口进出港船舶的调度和指泊；征收港口规费、管理费及建设费；指导、检查、督促港口货源调查和生产计划实施；负责对港口和港埠企业安全生产和危险品的监督；协调查验单位之间的联系；承担全市春运组织工作，负责市春运工作领导小组办公室的具体工作。

（六）政策法规科

指导全市交通运输系统法制工作。组织开展交通运输行业有关政策研究，指导交通运输行业体制改革和局属单位改革工作；负责指导、协调交通运输行业管理；负责规范性文件的审核、备案和协调工作；承担法制宣传教育工作；指导交通运输行政执法和执法规范工作；负责交通运输行政执法监督工作；承办机关行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；开展交通运输法律服务和咨询工作。

贯彻执行《行政许可法》，负责局进驻市行政服务中心有关行政许可事项的受理、审批、收费、发证、送达等相关工作，组织、协调、指导本系统的行政许可工作，管理本系统派驻市行政服务中心的工作人员。 　 贯彻实施公路、水路、地方铁路安全生产政策和应急预案；负责公路、水路运输安全生产综合监督；负责协调和指导交通运输、交通工程建设的安全生产、技能培训；监督检查交通安全生产法规和安全生产责任制落实情况；依法组织或参与本行业重特大责任事故的调查处理；负责局安全生产委员会日常事务工作；承担社会治安综合治理工作；承担公路、水路突发公共事件应急管理工作。

负责国家国防交通工作的法律法规和方针、政策的宣传、执行、检查和监督；负责编制全市交通战备工作规划、战时保障方案并组织实施；负责全市的国防交通动员和运力征用；承担市国防动员委员会交通战备的日常事务工作；组织实施交通专业保障队伍建设、军事训练和政治教育；参与交通突发事件应急处置工作；组织开展交通拥军优属工作。

按有关规定设置纪委（监察室）、工会、团委、妇委会。