满江红科仅有一属(Azoua)。根据大小孢子果的构造等的不同性状，分为两个亚属：

1.三原满江红亚属

Subgen. Azo1la Macrosporangium nanatoribus3 armatum.

本亚属的主要特点是大孢子囊有3个浮际，小孢子囊的泡胶块上有很多锚状毛(钩毛) ，侧枝腋外生，其数目比茎叶片少。

2.九腺满江红亚属

Subgen Rhjzosperma(Meyen) Y.X. Lin, subgen. nov. - Bhtgosperm,aMeyen, Reise1. 337. 1834- Azolza sect. Bhigosperma Sadeb. in Nat. Pflanzenfam. 1(4): 401.1900.

Macrosporangium nanatoribus 9 armatum·

本亚属与上亚属不同之点，在于大孢子囊有9个浮标，小孢子囊的泡胶块上仅有不规则的丝状毛或锥形突起或几无附属物，侧枝明显腋生，其数目与茎叶片相等.

根据 L. v. Hills和 B. Gopal通过对化石的原始满江红(A. primaeva)的研究， 认为九标满江红亚属是由三标满江红亚属演化来的 。 演化的过程开始于始新世一渐新世的初期，最初是大孢子囊上的浮标发生分裂，数目由3个增加到9个，而后在渐新世的后期到近期，泡胶块上的附属物发生退化，锚状毛(钩毛)变为不规则的丝状毛或锥形突起，从而发展成今天的九际满江红亚属的各种群。