根据上述职责，市水利局设8个内设机构。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、宣传、保密、保卫、信访、政务公开、新闻发布等工作。
（二）人事科
负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训工作；指导水利行业职工队伍建设；组织开展对外经济、技术合作与交流；组织重大水利科学研究、技术引进和技术推广工作；承担工会、共青团、妇女及计划生育工作。
（三）财务科
贯彻执行有关水利的税收、信贷、财务、价格和收费等方面的政策；负责部门预决算的编制和执行；协调、指导、监督全市水利价格、收费工作；负责机关和直属单位国有资产监督管理和会计事务管理工作。
（四）规划计划科
拟订全市水利发展战略规划，组织编制水利综合规划、专业规划和专项规划；组织拟订全市中长期水供求计划；按照规定承担编制大中型水利基本建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计等相关工作；提出全市水利基本建设投资的规模、方向和项目安排的意见及年度投资计划；负责全市水利综合统计和分析工作。
（五）农村水利科
组织协调全市农田水利基本建设，指导全市农村饮水安全、排水、节水灌溉等工程建设与管理；负责全市引黄工作；负责全市水井凿井管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设；承担全市水土流失综合防治工作；组织编制全市水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；对有关法律、法规的执行情况实施监督；承担建设项目水土保持方案的审核工作。
（六）水政水资源科
监督实施水利行业的法律、法规和规章；承办局机关规范性文件合法性审核工作；负责全市水政监察、水行政执法和涉水违法案件的查处工作；承担水事纠纷协调工作；指导普法教育工作；承办局机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；核定水域纳污能力，审查入河排污口的设置，提出限制排污总量的意见；指导计划用水和节约用水工作；组织编发濮阳市水资源公报。
（七）水产科
拟订全市渔业发展的规划、政策和技术进步措施；保护和合理开发利用渔业资源；指导渔业标准化生产和健康养殖；组织水生动植物病害防控工作；负责组织实施水生动物防疫检验工作；组织渔业水域生态环境及水生野生动植物保护；指导水产品加工流通，对水产品质量标准的执行情况进行监督检查；承担渔事纠纷处理工作；指导渔业安全生产。
（八）建设与管理科（安全监督科）
指导全市水利工程建设、质量和水利建设市场的监督管理；负责水利工程建设相关行政管理工作；贯彻执行水利行业技术标准、规程规范并监督实施；拟定全市水利工程建设管理制度；负责水利工程运行管理；负责水利设施、水域及其岸线的管理和保护；负责河道管理范围内建设项目审核；负责河道采砂管理；指导水域的综合治理、开发利用以及水利旅游、水库养殖和水利行业的供水工作；承担水利行业安全生产工作，组织实施水利工程安全监督。
离退休干部工作科。负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
濮阳市防汛抗旱指挥部办公室 主任 王忠义 濮阳市引黄工程管理处 主任 王焕军 中共濮阳市引黄工程管理处党总支书记 龙藏瑞 濮阳市河道管理处 主任 刘俊杰 濮阳市金堤河张庄提排站 站长 曹景合 濮阳市渔政渔船检验监督管理处 主任 王清民 濮阳市水利勘测设计院 院长 毛守让 濮阳市濮水河管理处 主任 路国显 濮阳市节约用水办公室 主任 郭利峰 濮阳市水产技术推广站 站长 杜忠臣 濮阳市鱼种场 副场长 范丽霞
