有效灌溉面积减少的原因是多方面。根据水利部门长期的调查统计，主要原因有：工程设施损坏报废、机井报废、长期无水、建设占地、退耕( 还林、还草、还湖等) 及其他原因。但是, 不同时期主要原因是变化的。2000年以前，机井报废是有效灌溉面积减少的主要原因。2000 年以后，工程设施损坏报废、建设占地和退耕上升为有效灌溉面积减少的主要原因。2000 年以前，由于大量超采地下水，地下水位持续下降，导致大量机井报废。2000 年以后，启动了地下水保护行动计划，采取了地下水保护措施，进一步加强了地下水超采区水资源管理工作，地下水超采得到初步控制，地下水位有所回升，使机井报废造成的灌溉面积减少量下降较快，机井报废导致灌溉面积减少主要分布在华北平原区 。工程设施损坏报废仍然严重。我国 80%以上的灌区兴建于改革开放前，工程设施先天不足，设计标准低,施工质量差，工程不配套，经过几十年的运行，老化速度加快 ，运行效益严重衰减 。如果缺乏稳定的投入，工程设施损坏报废对有效灌溉面积的影响将更加明显 。