焦作市国家税务局下辖6个县（市）局、4个区局和1个高新区局，名称分别为：
河南省博爱县国家税务局；河南省沁阳市国家税务局；
河南省孟州市国家税务局；河南省温县国家税务局；
河南省修武县国家税务局；河南省武陟县国家税务局；
焦作市解放区国家税务局；焦作市山阳区国家税务局；
焦作市马村区国家税务局；焦作市中站区国家税务局；
焦作高新技术产业开发区国家税务局。
各县（市）区国家税务局内设7个行政机构，1个直属机构，1个事业单位，级别为正股级。
（一）行政机构
1、办公室
制定局机关和本系统的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和外事工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；制定办公规章制度；管理机关财务等后勤保障及机关行政事务工作；负责局机关和本系统目标管理考核及督查督办工作；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议、政协委员提案；协助领导对有关工作进行综合协调；承办领导交办的其它工作。
2、政策法规科
负责流转、所得、涉外、出口退税等税收政策的贯彻落实；负责增值税专用发票管理；负责金税工程及相关系统的日常管理和稽核管理工作；负责增值税其他抵扣凭证的稽核工作；负责协定的执行、外国居民税收监管等国际税务事项的具体实施工作；负责反避税、情报交换、开具售付汇凭证等事项的协助调查工作；负责外商投资企业和外国企业所得税纳税评估和税务审计工作；负责涉税法律事务；负责组织对税收法律、法规执行情况进行日常管理性监督检查；承办重大税收案件的审理和行政处罚、听证工作；负责税务行政诉讼和行政复议等事项；负责对出口企业的认定、退免税申报的受理、审核工作，组织落实本地出口货源征税情况并负责对外复函，负责本地出口货物专用缴款书及分割单开具的检查及指导工作；负责城市商业银行、城乡信用社的财务制度管理工作；负责年度税收资料调查工作。
3、征收管理科
负责组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度，处理执行税收征管法规、条例中的有关事项；负责税务登记、纳税申报、税款征收和税收资料等的管理；牵头组织对征管质量的综合考核；负责组织征管软件的推广和应用；牵头负责纳税评估的组织实施和指导、协调、管理工作；负责纳税服务的组织、管理工作；负责税务师事务所、注册税务师执业情况的日常监管。
4、人事教育科
负责研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、考核、调配、交流、辞职辞退、工资福利、专业技术职务等人事管理工作;负责实施能级管理制度；负责离退休干部及提前离岗人员的管理和服务；负责思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作；负责党建、工会、共青团和妇联工作。
5、监察室
负责贯彻执行党和国家的路线方针及税收法律、法规情况的监督检查；负责党的纪律检查、行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责信访举报、违法违纪案件工作。
6、计划统计科
负责税收计划管理、税收会计、统计等信息数据的统计和分析工作；负责编制和分配税收计划、指导组织收入工作，进行税收预测分析，负责税款征收信息的集中处理和会计核算工作，组织并检查税款征收、解库、提退等制度的执行；负责监控重点税源；负责税收票证的管理。
7、办税服务厅
负责办税服务厅主要负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，具体包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、税法宣传、金税发售、报税稽核、咨询辅导和受理减免申请及有关优惠政策申请等。
（二）直属机构
稽查局 负责执行上级下达的税收检查计划；负责税收专项检查的组织和实施工作；负责本级承办的税务违法案件的查处工作；负责税收案件举报的受理、查办；负责金税工程发票和其他税务违法案件的协查工作；负责组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作。
（三）事业单位
信息中心 负责组织税收管理、综合行政管理等信息系统建设；执行信息系统管理制度和技术标准；建立、管理和维护计算机网络与涉税信息等综合数据库；参与组织应用软件开发和税控器具的推广、应用及技术培训；根据工作需要，对征管数据进行质量审核、加工处理、综合分析等；负责网络及系统安全管理工作。
（四）派出机构
县（市）区局的派出机构为税务分局，级别为副科级，为非全职能机构，全市设税务分局40个，其中：博爱局4个、沁阳局4个、孟州局4个、温县局5个、修武局4个、武陟局5个、解放局4个、山阳局5个、中站局2个、马村局3个。
税务分局主要负责对所辖税源的监控管理工作，对辖区内纳税人实行分类管理和有效服务。具体负责所辖纳税户税务登记及纳税申报的调查核实、进行税收预测和分析、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、税务审计、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施纳税评估、处理一般性违规违章行为和零星税款的征收等。
（五）焦作高新技术产业开发区国家税务局的内设机构合并设置为7个，分别为：办公室、计划统计科、政工科、综合业务科、办税服务厅、税源管理一科、税源管理二科；设事业单位1个，即：信息中心；不设直属机构，即：稽查局。
