电子商务使物流网络的变化表现在：一个方面是和信息直接相关的物流网络，另一方面是实际的物流网络。
物流的网络信息化是物流信息化的必然，是电子商务下物流活动的主要特征之一。当今世界Internet等全球网络资源的可用性及网络技术的普及为物流的网络信息化提供了良好的外部环境。
网络信息化主要指以下两种情况：第一是物流配送系统的计算机通信网络，包括物流配送中心与供应商或制造商的联系要通过计算机网络，另外与下游顾客之间的联系也要通过计算机网络通信。第二是组织的网络，即Intranet。
物流网络可划分成线路和结点两部分，其相互交织连结，就成了物流网络。我们知道物流结点设施的设置，将确定如何进行存货、交付，还融合进运输能力。
首先，仓库数目将减少，库存集中化。配送与JIT的运用已使某些企业实现了零库存生产，将来由于物流业会成为制造业的仓库与用户的实物供应者，工厂、商场等都会实现零库存， 自然也不会再设仓库了。配送中心的库存将取代社会上千家万户的零散库存。
其次，将来的物流结点的主要形式是配送中心。现在，仓库的专业分工将其分为两种类型，一类是以长期贮藏为主要功能的“保管仓库”，另一类是以货物的流转为主要功能的“流通仓库”。在未来的电子商务环境下，物流管理以时间为基础，货物流转更快，制造业都实现“零库存”，仓库又为第三方物流企业所经营，这些都决定了“保管仓库”进一步减少，而“流通仓库”将发展为配送中心。
物流中心己成为城市功能的有机组成部分，一般来说，其选址应处于市区边缘和交通枢纽结点。目前在实践中，城市综合物流中心的筹建已经开始，它是上述变化的一个具体体现。城市综合物流中心将铁路货运站、铁路编组站和公路货运站、配送、仓储、信息设施集约在一起，可以减少必须经过大规模编组站进行编组的铁道运输方式，实现各城市综合物流中心之间的直达货物列车运行，使“一次运输”顺畅化；又可以利用公路运输实行货物的集散、完成“二次运输”；还可以实现配送中心的公用化、社会化，并使库存集中化。物流中心己成为城市功能的有机组成部分，一般来说，其选址应处于市区边缘和交通枢纽结点。
第三，综合物流中心将与大型配送中心合而为一。
