常用的物种多样性指数有以下几种：丰富度指数、辛普森多样性指数、香农多样性指数。在水质评价中上述指标多用于无脊椎动物，也可用于藻类和周丛生物。

各种物种多样性指数及计算公式如下：

①贝格-派克（Berger-Parker）指数。本指数仅考虑总种数及数量最优势种两个因素，易计算，侧重群落中优势种的作用。计算公式为：

d=N_max/N

在式中，d为贝格-派克指数；N_max为数量最优势种个体数量；N为总个体数。

②麦金图史（McIntosh）指数及均衡度。该指数假设群落为S维空间中的一点，那么原点到集合的距离可认为是一种多样性的测度。

D=（N-

E=（N-

在式中，D为麦金图史指数（MeIntosh diversity index）；E为麦金图史均衡度（Evenness）指数；N为总个体数量；n_i为第i个种的个体数量；S为总物种数量。

③玛格列夫（Margalef）指数。仅考虑群落的物种数量和总个体数，将一定大小的样本中的物种数量定义为多样性指数。计算公式为：

D=（S-1）/㏑N

在式中，D为玛格列夫指数；N为总个体数量；S为总物种数量；㏑为自然对数，底数2.7182838。

④门辛尼克（Menhiniek）指数。该指数考虑群落的物种数量和个体总数，将一定大小的样本中的物种数量定义为多样性指数。计算公式为：

D=S/

在式中，D为门辛尼克指数；N为总个体数量；S为总物种数量。

⑤香农（Shannon）指数及均衡度。该指数假设在无限大的群落中对个体随机取样，而且样本包含了群落中所有的物种，个体出现的机会即为多样性指数。计算公式为：

H′=-∑（p_i㏑p_i）

E=H′/㏑S

在式中，H′为香农指数；E为香农均衡度指数；p_i为第i个种在全体物种中的重要性比例，如以个体数量而言，n_i为第i个种的个体数量，N为总个体数量，则有p_i=n_i/N；S为物种总数。

⑥辛普森（Simpson）指数。该指数假设，对无限大的群落随机取样，样本中两个不同种个体相遇的概率可认为是一种多样性的测度。计算公式为：

D=1-∑{n_i（n_i-1）/[N（N-1）]}

在式中，D为辛普森指数；N为总个体数量；n_i为第i个种的个体数量。