意见稿明确，规定所称特殊工时制度包括不定时工作制和综合计算工时工作制。中华人民共和国境内的企业，因生产特点或者工作性质特殊、不能实行国家规定的标准工时制度的，要按照规定实行特殊工时制度。
一些岗位需要机动作业，或由劳动者自主安排工作时间。对此，意见稿规定了不定时工作制的岗位范围以及工资保护。规定实行不定时工作制的劳动者，其年工资报酬不得低于企业所在直辖市、设区的市人民政府公布的本地区上年度职工平均工资。
部分旅游、渔业、海运等行业受季节、资源等条件限制，需要集中作业；而在铁路、邮政、电信等行业中，部分中断作业可能会影响社会公共利益。对于类似的岗位，企业可申请实行综合计算工时工作制。意见稿要求，在实行综合计算工时工作制岗位上工作的劳动者，每日最长工作时间（含正常工作时间和延长工作时间）不得超过11小时，企业应保证其每两周至少有一个连续24小时的休息日。
