分布于中国西藏东北波密；云南西北部丽江、中甸；四川西南部木里、稻城。在海拔4000-4500米的高山冻荒漠带，由于强烈的寒冻和物理风化作用，地形多为裸岩、峭壁和碎石构成流石滩，即高山冰川下延的地段。高山热量不足、辐射强烈、风力强劲、昼夜温差大、气候严寒恶劣；流石滩常处在冰雪覆盖和冰冻状态，仅有短暂的暖季（7-8月），当地表解冻消融后，在碎石和隙间零星散生的玉龙蕨才成长。
2020年，青海山水自然资源调查规划设计研究院在青海互助北山林场野生植物考察中，发现分布于海拔3700-3800米的高山岩缝中的玉龙蕨，这在青海属首次发现 。
