保护级别：该种列入中国国务院《国家重点保护野生植物名录》：Ⅰ级。
濒危原因：对玉龙蕨这种高山冰川小型石生植物，由于发现时间不长，生长地又处于条件严酷的高海拔地区，种群极为稀少，人们尚不知晓其具体的价值大小，因而未被开发利用，但由于受到生态环境及自身适应、遗传机制的影响，玉龙蕨的繁殖能力非常低，分布区又很狭窄，种群数量也不多，个体极为稀少。虽然玉龙蕨本身具有观赏价值，但由于其对生态环境有特殊的要求，因而难以人工迁移保存。这进一步使其面临着灭绝的危险。
保护措施：建议在玉龙蕨自然生长的区域做适当的保护，严禁采挖，对生长的区域的种群进行监测，分析气候变化对该物种的影响，划定专门的保护点，同时开展生物学特性、个体及群体生态的研究。由于玉龙蕨适应高寒特殊生态条件，科研条件还难于引种到室内人工栽培，所以可试验用孢子在低温下繁殖。
