一是化肥中的有害物质对植物的生长发育或者通过饲料、食物的食物链，对人、畜、禽的健康发生危害。有些劣质化肥的重金属在土壤中常年积累，导致农田生态环境污染，对人民身体健康造成危害。
二是农产品品质下降，风味口感降低，瓜果蔬菜含糖量下降，发病率上升，耐贮性差，局部地区超量使用氮肥使蔬菜硝酸盐和亚硝酸盐含量超标。
三是引起土壤板结、酸化、盐化，地力下降，农产品中积累大量的硝酸盐。农产品在储藏中所含硝酸盐还原为亚硝酸盐，可导致胃癌和食道癌。据有关报道，全世界每年患癌症的500万人中，有50%左右与食品的污染有关。
四是化肥平均有效利用率低，我国目前化肥的利用率一般在30%～40%，而国外发达国家化肥有效利用率普遍为50%，部分高达70%。由于化肥在施用中不能被充分利用，每年都有大量的化肥流失，对水体和大气造成污染和危害，含有重金属的化肥流失造成的污染和危害更为突出。
