环保科技奖每年评审一次，奖励项目分为环境保护技术类研究项目和环境保护软科学类研究项目两类。环保科技奖设一等奖、二等奖、三等奖。一等奖获奖数量不超过申报项目总和的5%，二等奖获奖数量不超过申报项目总和的15%，三等奖获奖数量不超过申报项目总和的20%。

一等奖授予在环境科学技术上有重大创新，技术难度大，总体技术水平、主要技术经济指标达到国际先进水平，得到广泛应用，取得重大环境效益，对推动经济发展和社会进步有重大意义和作用的项目；或者授予技术难度和工作量很大，具有较高理论、学术水平和创新特色，对推动环境管理改革和环保事业发展起到关键作用，取得重大社会效益和环境效益的软科学研究项目。

二等奖授予在环境科学技术上有较大创新，技术难度较大，总体技术水平、主要技术经济指标达到中国国内领先水平，在较大范围应用，取得显著的环境效益，对推动经济发展和社会进步有较大意义和作用的项目；或者授予技术难度和工作量大，在中国环境管理上有创新，对推动环境管理现代化和领导科学决策起到重要作用，取得很大社会效益和环境效益的软科学研究项目。

三等奖授予在环境科学技术上有创新，技术难度较大，总体技术水平、主要技术经济指标达到中国国内先进水平，取得较大环境效益，对推动经济发展和社会进步作用大的项目；或者授予技术难度和工作量较大，结合中国环境管理实际，具有前瞻性和可行性，对推动环境管理现代化与领导科学决策起到显著作用，取得较大的社会效益和环境效益的软科学研究项目。