环境信息系统的设计过程可分为四个阶段：可行性研究、系统分析、系统设计和系统实施。每个阶段又分为若干步骤。
可行性研究是环境管理信息系统设计的第一阶段。该阶段的工作目标是为整个工作过程提供一套必须遵循的衡量标准，即针对客观事实、考虑整体要求、符合开发节奏。具体内容根据应用的重要性和信息系统可利用的资源而定。
可行性研究阶段的任务是确定环境管理信息系统的设计目标和总体要求，研究设计的应用领域和完成设计的能力需求，进行费用一效益分析，制定出几套设计方案，并对各方案在技术、经济、运行三方面进行比较分析，得出结论性建议，并编制出可行性研究报告报上级主管部门审查、批准。
系统分析是环境信息系统研制的第二阶段。这个阶段的主要目的是明确系统的具体目标、系统的界限以及系统的基本功能。这一阶段的基本任务是设计出系统的逻辑模型。系统分析不论资金的投入，还是时间的占用上，在整个环境管理信息系统的研制中都占有很大比例，具有十分重要的地位。这一阶段的主要工作内容包括：详细的系统调查，以了解用户的主观要求和客观状态；确定拟开发系统的目标、功能、性能要求及对运行环境、运行软件需求的分析；数据分析；确认测试准则；系统分析报告编制，包括编写可行性研究报告及制订初步项目开发计划等工作。
系统设计是环境管理信息系统研制过程的第三个阶段。该阶段的主要任务是根据系统分析的逻辑模型提出物理模型。这个阶段是在各种技术手段和处理方法中权衡利弊，选择最合适的方案，解决如何做的问题。系统设计阶段的主要工作内容包括：系统的分解；功能模块的确定及连接方式的确定；设计信息输入；设计结果输出；数据库设计及模块功能说明。在系统设计过程中，应充分考虑该系统能否及时全面地为环境科研及管理提供各种环境信息，能否提供统一格式的环境信息，能否对不同管理层次给出不同要求、不同详细程度的图表、报告，是否充分利用该系统本身的人力、物力，使开发成本最低 。
环境管理信息系统设计完成后就应交付使用，并在运行过程中不断完善，不断升级，因而需要对其进行评价。评价一个环境管理信息系统主要应从五个方面进行：系统运行的效率；系统的工作质量；系统的可靠性；系统的可修改性；系统的可操作性 。2100433B
