2001年至2016年，珠科院承担和完成了国家重大科技专项、国家自然基金项目、水利部“948”项目、公益性项目、行业标准项目、水利科技创新计划、广东省自然基金项目、广东省科技计划专项等国家、省部级重大水利科研项目194项，国际合作项目11项，自主研发的新技术和新产品20余项 。
2017年，《珠江流域水资源多目标调度技术与应用》作为国家重点研发计划成功立项，并于11月6日召开启动会。另外还申请到国家自然科学基金、广东省自然科学基金、广州市科技计划、水利部科技推广中心技术示范项目共7项 。
2018年，珠科院成功立项国家重点研发计划1项、国家自然基金2项，承揽的横向科技服务项目合同额约5.1亿元（其中院（水保站）3.7亿元），到款约3.6亿元。作为课题负责单位和专题负责单位之一申请的国家重点研发计划“河湖岸线和内河洲滩资源高效利用与保护关键技术研究”项目成功立项 。
2001年至2016年，珠科院共取得专利证书95项、软件著作权63项、省部级成果鉴定证书29项，成为珠江流域8省（区）及港澳地区的水利科技创新基地和推广中心 。
2017年，珠科院共获得软件著作权21项、推广证书4项、发明专利10项、实用专利50项；出版著作10本；发表论文92篇，其中4篇SCI，10篇EI 。
2018年，珠科院共取得软件著作权26项、推广证书6项、发明专利9项、实用专利21项；出版著作9本，发表中文核心以上论文46篇 。
2001年至2016年，珠科院共获得54项省部级以上科技奖励 。
2017年，珠科院牵头组织完成科研项目获得大禹水利科技进步奖一等奖1项、中国优秀专利奖1项、工程咨询优秀奖1项；作为参与单位合作项目获国土资源部科技进步奖二等奖1项、大禹水利科技进步奖二等奖、三等奖各1项 。
2018年，珠科院共获得广东省工程咨询优秀奖4项，广州市、深圳市优秀规划类奖项2项，珠科院科技进步奖6项 。
2017年，珠科院组织完成了珠江-西江经济带岸线资源开发利用与保护规划，珠江-西江经济带沿江取水口、排污口及应急水源布局规划，西江干流鱼类繁殖期水量调度方案编制与组织实施，珠江流域水土保持监测等16个财政预算、基建前期经费项目年度工作任务（6722万元）；受水利部委托完成广州、南宁等9个水生态文明试点城市验收前的技术评估工作；完成了12期流域片枯季旱情遥感监测分析报告、完成8期珠江河口、珠江干流、省际边界河流、国际河流监测简报，配合建管处完成红河干流执法巡查任务，配合规计处完成珠江河口巡查任务；完成《全国水土流失动态监测与公告项目（2018～2022年）规划编制》《国家水土保持监控能力建设规划》及《生产建设项目水土保持监管技术规范》编写工作，完成了珠江流域国家级水土流失重点治理区、预防区的水土流失动态监测、野外调查等工作任务，开展了不同土壤侵蚀类型区6条典型小流域和14个典型监测点的水土流失监测任务等 。
2018年，，珠科院组织完成了珠江-西江经济带岸线资源开发利用与保护规划、珠江-西江经济带沿江取水口排污口及应急水源布局规划、西江干流鱼类繁殖期水量调度生态监测、湾仔水道挡潮闸对上下游影响论证分析、西江黄金水道建设对沿江防洪工程影响应对方案制定等10多项工作任务。承担完成了2018年度珠江流域片枯季旱情遥感监测分析、流域部管项目监管试点和流域内试点省份的“天地一体化”监管工作。协助配合珠江委开展了实行最严格水资源管理制度考核“明查暗访”、高效节水灌溉和农村饮水安全工程督导检查、珠江流域小型水库安全运行督查、全面推行河长制湖长制工作督导检查、水政执法遥感监测、珠江流域质量监督等工作。开展了澳门内港挡潮闸工程可行性研究报告-工程勘察及专题研究、澳门机场扩建方案水利研究、澳门内港防洪潮排涝优化及应急方案研究、澳门特别行政区海域利用与发展中长期规划（2016-2036）、十字门北口游艇码头工程环境影响评估研究、深圳河水环境治理研究等工作 。
