根据上述职责，市国土资源局内设7个职能科室。

（一）办公室

综合协调和督查局机关日常政务；负责文电、会务、保密、机要、档案、后勤保障等机关日常运转工作；负责综合性文稿起草、公文核稿、政务信息、安全保卫和有关行政事务管理工作；负责机关内部制度建设；指导国土资源信息化工作；参与各项规章制度的制订和实施；围绕机关重点工作开展调查研究；负责机关及所属事业单位党的建设、思想政治工作和精神文明建设；负责机关及所属事业单位组织人事、机构编制、人口与计划生育、出国（境）审查与报批等工作；负责退休干部管理和服务工作；组织办理人大代表建议、政协委员提案和重要批示件；承担全市国土资源的综合统计工作；负责专业技术职称评聘工作。

（二）财务科

组织实施有关财务会计制度，编报并落实年度财务计划；负责国土资源有关规费的征收和管理；负责国土资源局的各项行政事业性经费及专项经费的使用和固定资产的投资项目费支出；负责局机关财务及资产的管理，指导所属事业单位财务资产管理工作。

（三）行政审批科（挂建设用地管理科牌子）

负责组织实施临时用地审批、采矿权许可、矿山闭矿审批、供地方案审核、建设项目用地预审等国土资源行政许可工作；承担办理设施农用地审核、土地开发整理立项、建设项目压覆矿产储量登记、地质灾害危险性评估成果备案、矿产资源储量评审备案。

拟订土地供应、土地流转、土地价格和土地资产管理相关规范性文件；编制并实施年度土地供应计划、国有建设用地使用权出让方案；承担企业转制的土地资产管理及处置工作；承担农村集体建设用地的使用、流转管理工作；承担节约集约用地评价和建设用地分等定级工作，实施基准地价、标定地价等地价制度，对土地市场和地价实施动态监测；指导土地储备工作；协助土地相关税费的征收。

（四）国土利用规划科

组织拟订并实施全市国土规划、土地利用总体规划、土地利用年度计划及基本农田保护、土地开发与整理等专项规划；参与审核城市总体规划和建设项目规划；负责审核基本农田划区定界；负责实施土地用途管制；负责全市耕地占补平衡工作；负责落实全市年度农用地转用计划指标；负责农用地转用和耕地补充方案等农转用和土地征收的报批；指导未利用地开发、土地整理、土地复垦和耕地开垦工作。

（五）地质矿产管理科

组织拟订并实施矿产资源总体规划、地质环境保护总体规划和其他专项规划；组织实施全市地质调查评价；负责本市权限内的采矿管理工作；负责矿产资源储量的登记、统计、年检和审计，并组织其评审和认定工作；承担矿产资源补偿费征收、矿产地储备管理的事项；参与管理境内水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；组织市城市地质、农业地质、旅游地质的勘查和评价工作；制定并实施地质灾害防治方案及突发性地质灾害应急预案；组织、协调、指导和监督地质灾害防治工作；指导全市地质灾害应急处置。

（六）地籍管理科

拟订并组织实施地籍管理有关的规范性文件，管理全市城乡地政、地籍工作；负责全市土地确权登记发证及相关权属管理工作；负责建设用地项目竣工用地复核验收工作；负责全市土地资源调查、动态监测、地籍调查；指导土地交易登记工作；承办法律规定的土地权属纠纷的调处工作。

（七）政策法规科（挂信访室牌子）

负责指导监督国土资源行政执法；负责行政规范性文件合法性审核和备案工作；负责有关行政听证、行政复议、行政应诉和行政赔偿工作；负责全市国土资源违法案件的审核工作;负责国土资源管理的法制宣传和执法队伍的业务培训；承办征地补偿标准争议协调事宜。

制定局信访工作制度；受理群众来信，接待群众来访，提出拟办、交办、转送国土资源信访事项；承办重大或指定的信访事项；负责信访答复和报结；督促、检查、指导信访工作；负责全局信访工作目标管理考核工作。

市国土资源局设置监察室，与纪委合署办公，主要负责纪律检查、行政监察工作。