从2001年开始，环境保护部会同有关部门组织开展了全国生态环境现状调查。在此基础上，由中国科学院生态环境研究中心以甘肃省为试点开展了省级生态功能区划研究工作，并编制了《全国生态功能区划规程》。之后，按步骤陆续启动了各省、自治区、直辖市和新疆生产建设兵团的生态功能区划工作。

初稿完成后，先后召开了多次全国性技术分析协调会和专家论证会。来自中国科学院、高等院校和相关研究单位的100多位专家，包括几十位院士参加了专家论证会，于2006年10月，形成《全国生态功能区划》征求意见稿。其后，将《全国生态功能区划》征求意见稿发送国务院各部门和各省、直辖市、自治区征求意见，并作进一步修改。修改稿完成后，又征求了部分院士的意见，于2007年5月形成了《全国生态功能区划》。

《全国生态功能区划》课题负责人、中科院生态环境研究中心副主任欧阳志云，在撰写课题报告时指出：生态功能区划的目标主要有3个方面。一是明确全国不同区域的生态系统类型、生态环境问题、生态敏感性和生态系统服务功能类型及其空间分布特征，提出全国生态功能区划方案，明确各类生态功能区的主导生态服务功能以及生态环境保护目标，划定对国家和区域生态安全起关键作用的重要生态功能区域；二是强化统筹兼顾、分类指导和生态系统管理思想，改变按要素管理生态系统的传统模式，以保护生态功能为基础，增强各功能区生态系统的生态调节功能，实现区域生态系统的良性循环；三是以生态功能区为基础，指导区域生态保护与生态建设，为区域产业布局、资源利用和经济社会发展规划提供科学依据，促进社会经济发展和生态环境保护的协调。

此次生态功能区划的论证专家组认为，该区划客观反映了我国生态系统生态功能空间分布规律，明确了我国不同区域生态系统生态调节、产品提供和人居保障的功能。

环境部副部长吴晓青对此的评价是：“为有效管理生态系统提供了基础和手段。”