生态系统科学认为，生态系统在时间和空间上都是按等级结构组织的，且是动态的和有弹性的复杂系统。运用整体论的研究方法，从各个尺度上—从局部到全球尺度—考察生态系统的结构完整性和功能稳定性，以及系统应付外界胁迫的能力和发展、再生与进化的能力，是一切生态系统研究和生态环境管理决策的科学前提。

按照生态系统功能的观点，对生态系统完整性进行评价，认识生态系统受到的胁迫以及胁迫产生的原因，判定生态系统完整性是否有损失，人类所期望的生态功能是否得到发挥，并采取相应的调控对策，是生态功能区划的方法论和最终目的。生态系统是一个综合体系，自然、经济和社会是其重要的组成部分，且相互联系，相互制约。用生态资本评价的方法对三者进行统一的货币化定量，从而了解区域资源分布与社会经济的发展现状，以二三者之间的能量与物质的转换情况，对整个区域生态系统进行一个全面的评价，从而确定其今后的发展框架。

第一，明确区域生态系统类型的结构与过程及其空间分布特征；第二，评价不同生态系统类型的生态服务功能及其对区域社会经济发展的作用；第三，明确区域生态敏感性的分布特点与生态高敏感区；第四，提出生态功能区划，明确重点生态功能区。与之相应，我们的工作内容包括：生态环境现状评价，生态敏感性评价，生态服务功能评价，生态功能分区方案，各生态功能的特点。生态环境现状评价，是在区域生态调查的基础上，评价区域生态系统特点、空间分异规律，以及主要生态环境的现状与趋势。其次，是生态环境敏感性评价：分析可能发生的主要生态环境问题类型与可能性大小，明确生态环境敏感性的区域分异规律，主要是水土流失、沙漠化、石漠化、冻融侵蚀、酸雨、土壤盐渍化等。