区域生态环境的质量评价一般采用定性评价和定量评价2种方法。定性评价一般选取对生态环境影响较大的指标进行评价，根据该指标的大小或优劣程度评价生态环境的好坏；而定量评价则采取一定的公式或模型对指标系统进行计算，根据计算结果的大小对生态环境进行评价，通常有脆弱度计算法、距离计算法、层次分析法、综合模型法和生态足迹法等。
指数评价法从监测点的原始监测数据统计值与评价标准之比作为分指数,然后通过数学综合作为环境质量评定尺度。近几十年来,这一方法在环境质量评价中得到了广泛的应用,并有了很大的发展。早期国外应用的指数法有美国的NWF 环境质量指数和加拿大的“总环境质量指数”(EQI) 等,目前最常用的是综合指数法,应用此法,可以体现生态环境评价的综合性、整体性和层次性。
国家环保总局发布了《生态环境状况评价技术规范》行业标准，2006年5月1日起试行。
技术规范规定：生态环境质量指数是反映被评价区域生态环境质量状况，数值范围0～100。
生态环境状况指数（Ecological Index，EI）
EI=0.25×生物丰度指数 0.2×植被覆盖指数 0.2×水网密度指数 0.2×土地退化指数 0.15×环境质量指数
2015年国家环保部对《生态环境状况评价规范》行业标准做出修改，重新将生态环境状况指数的计算方法修改为EI=0.35×生物丰度指数 0.25×植被覆盖指数 0.15×水网密度指数 0.15×(100-土地退化指数) 0.10×(100-污染负荷指数） 环境限制指数
综合评价法是进行生态环境质量综合评价中运用较多的一种方法,此法的具体应用是层次分析法(AHP 法)。它是模拟人脑对客观事物的分析与综合过程,将定量分析与定性分析有机结合起来的一种系统分析方法。层次分析法的应用研究很多,姚建、朱晓华等将层次分析法运用于生态环境质量评价中。
另外还有主成分分析法，模糊评价法，灰色关联度法等。目前,关于生态环境质量评价的研究,国内外又出现了一些新的方法和技术。马荣华等在前人工作的基础上,利用遥感及 GIS以景观生态学理论为指导,以多因子综合评价为主要方法,进行了海南生态环境的现状评价分析研究。另外,加拿大建立了生态监测与评估网络。通过此网络对生态变化进行了长期监测并依据监测的数据对生态环境进行了评估,内容包括气候变化对水纯净度的影响,森林可持续发展的标准等。
