分区技术研究： 开展生态环境功能评价与区划等相关基础理论和技术方法研究，研究生态环境区划技术，研究生态、水、大气、土壤、海洋等环境要素区划衔接技术，开展生态环境分区相关技术规范与标准研究与制定，开展相关技术推广和培训。
管治对策研究： 开展生态环境分区管治对策研究，研究制定基于生态环境区划的环境管理制度和政策，研究生态环境区划规划编制、审批、调度、评估和考核体系，协助管理部门开展生态环境分区管治绩效评估与考评、推行生态环境分区管制制度。
信息管理研究： 开展生态环境区划基础数据信息收集、分析、处理，综合生态遥感、环境统计、环境监测、污染排放等数据源，建立区划基础数据库，开展国土空间规划等空间数据集成与衔接技术研究，研究开发生态环境区划与生态环境分区管治成果信息系统。
