根据化学工程学科发展的需要，1986年由当时化工系的分离工程教研室为主组建成生物化工室，1987年开始招收生物化工专业本科生，1988年生物化工成为硕士学位授予单位，正式招收硕士研究生，1993年批准为博士学位授予点，成为国内第二个生物化工博士点。1996年成立了生物化工研究所，2000年更名为生物工程研究所。研究所已基本上形成了一个完整的包括生物工程专业本科生、生物化工专业硕士生和博士生的教学体系、强大的基础研究和应用研究并重的科研体系。

该所现有教职工23人，其中教授12名，副教授8名，高工2名，教学、科研队伍中具有博士学位的教师约占72%，平均年龄为43岁。

近几年来，在读生物工程专业本科生120余名、生物化工专业硕士研究生100余名、博士研究生60余名，同时还有化学工程与技术博士后流动站研究人员3名。留美博士岑沛霖教授、留德博士姚善泾教授为研究所学术带头人。该所与美国、德国、英国、日本的知名大学及研究所建有长期的学术交流和合作研究关系。